Tesis
Análisis molecular de microbacterias aisladas de pacientes con diferentes inmunodeficiencias en un hospital de tercer nivel
Fecha
23/08/2010Registro en:
Cortés Torres, Nancy Angélica. (2009). Análisis molecular de microbacterias aisladas de pacientes con diferentes inmunodeficiencias en un hospital de tercer nivel. (Maestría en Biomedicina y Biotecnología Molecular). Instituto Politécnico Nacional, Sección de Estudios de Posgrado e Investigación, Escuela Nacional de Ciencias Biológicas. México.
Autor
Cortés Torres, Nancy Angélica
Institución
Resumen
ABSTRACT: Tuberculosis (TB) is a disease caused by mycobacteria belonging to the Mycobacterium tuberculosis Complex (MTC). Every year 10 million people are infected with TB bacilli. A total of 1.7 million people die due to TB. In recent years, morbidity and mortality associated with nontuberculous mycobacteria (NTM) illness have increased worldwide. In our country, there are few studies on micobacteria prevalence (either MTC or NTM species) in immunocompromised subjects. Furthermore, there are no studies that recognize which risk factors may be associated to these diseases. This information will lead to more appropriate measures for TB control. The aims of this study were to identify and to analyze the mycobacterial species that affect immunocompromised patients and to identify risk factors associated to these infections. A total of 97 mycobacterial strains isolated from patients with diagnosis of pulmonary and extrapulmonary mycobacteriosis from the National Medical Center “La Raza” were analyzed. These strains were grown in Dubos medium plus ADC. Once pure cultures of the micobacteria were confirmed by the acidfast stain, their genomic DNA was isolate. Subsequently, three PCRs that allow the identification of M. tuberculosis, M. bovis, M. avium and M. Intracellulare were carried out. NTM species were identified by sequencing the hypervariable region 2 (V2) of the 16S rRNA gene. Mycobacterial strains belonging to the MTC were subjected to MIRU-VNTR and spoligotyping analysis in order to determine their genotypic diversity. Of the 97 mycobacterial strains isolated, 51 were identified as M. tuberculosis, 10 as M. bovis, 23 as M. avium, 9 as M. simiae, 2 as M. kansasii and 2 as M. gordonae.The risk factors associated to mycobacterial infections in this population were alcoholism (49%) and smoking (39%). Clustering of MIRUVNTR patterns showed that 4 MIRU (10, 16, 23 and 27) presented a high polymorphism in these patients. The T1 family was the spoligotype most prevalent in these strains. There was no correlation between the mycobacterial genotype and the immunodeficiency from which a microorganism was isolated; however, some stains related to the same immunodeficiency were very close clustered. It may be concluded that, among NTM, there is high prevalence of M. avium (64%) in immuodeficient patients.This is the first report in Mexico where M. simiae was identified in a 25% among NTM. Overall, these results show the necesity of identified and evaluate the genotypic diversity of mycobacterial strains isolated in this kind of population leading to more appropriate treatment and measures for TB control in these patients. RESUMEN: La tuberculosis (TB), es una enfermedad causada por micobacterias del complejo Mycobacterium tuberculosis (CMT). Cada año aparecen 10 millones de casos nuevos y mueren 1.7 millones de personas debido a este padecimiento. Aunado a esto, se ha incrementado el número de casos de micobacteriosis causados por las llamadas micobacterias no tuberculosas (MNT). En nuestro país se tienen pocos reportes acerca de la prevalencia de los principales genotipos de micobacterias que pueden estar causando TB y otras micobacteriosis producidas por MNTs, sobre todo en los pacientes inmunodeficientes. Además, es importante conocer los factores que se encuentran asociados a estos padecimientos, ya que de esta manera se podría contribuir al control de las micobacteriosis en nuestro país. Debido a lo anterior, el objetivo del presente trabajo fue identificar y analizar a nivel molecular las especies micobacterianas que más frecuentemente afectan a los pacientes con inmunodeficiencias, así como también, identificar cuales factores de riesgo se encuentran más frecuentemente asociados con estas infecciones. Para cumplir dicho objetivo se analizaron 97 cepas de micobacterias provenientes del Centro Médico Nacional “La Raza” (CMNR) con diagnóstico de micobacteriosis pulmonar y extrapulmonar, que hubieran contado con datos epidemiológicos en su expediente clínico. Estas cepas fueron resembradas y posteriormente se les realizó un cultivo en medio Dubos-ADC. Una vez confirmada la pureza de los cultivos se les realizó la extracción del DNA genómico. Posteriormente se realizaron las PCRs respectivas para determinar si las bacterias pertenecían a las especies M. tuberculosis, M. bovis, M avium y M. intracellulare. A las cepas de MNT no caracterizadas se les secuenció la región V2 del rRNA para identificar su especie. Finalmente a las cepas del CMT se les realizó su genotipificación por medio de MIRUs-VNTR y espoligotipificación. De las 97 cepas analizadas, se identificaron 51 como M. tuberculosis, 10 como M. bovis, 23 como M. avium, 9 como M. simiae, 2 como M. kansasii y 2 como M. gordonae. Los factores de riesgo que más frecuentemente se encontraron asociados a infecciones por micobacterias en esta población fueron alcoholismo (49%) y tabaquismo (39%). Con respecto a la agrupación de las cepas por los MIRU-VNTR encontramos un mayor polimorfismo en los MIRU 10, 16, 23 y 27. En cuanto a la espoligotipificación, la familia que predominó en esta población fue la T1. No existió una relación clara entre el genotipo micobacteriano y la inmunodeficiencia de la cual se aisló el microorganismo; sin embargo, se encontraron algunas cepas relacionadas con la misma inmunodeficiencia que se agruparon en forma muy cercana unas de otras. Así mismo, dentro de las MNT, se encontró una alta prevalencia de M. avium (64%) en los pacientes inmunosuprimidos. Este es el primer reporte en México que identifica a M. simiae en este tipo de población, con el 25% de los casos de MNT. En conjunto, estos resultados demuestran la gran necesidad que existe en los hospitales que atienden a pacientes inmunodeficientes, de identificar y agrupar adecuadamente a las micobacterias que infectan a este tipo de enfermos, para obtener un mejor control y tratamiento de las micobacteriosis.