It is not known if the variability of a population in pre-Hispanic times formed a joint population of different origins, or if it coexisted as a cultural group but separated into strata (of different origins), or if its diversity was similar to other regions, sites or populations. As long as there are no extensive genetic samples of archaeological remains from different periods, is it impossible to define a Mesoamerica in terms of biological inheritance. However, it could be assumed that before post-Hispanic events the flow of genes was conditioned, in principle, by distances and geographical difficulties with respect to both trade and social relations. Thus, in order to analyze how much of the genetic distribution corresponds to the Mesoamerican area -and taking into account that the concept itself has been under debate-, based on foundational mitochondrial dna markers, data are analyzed from both urban and indigenous populations of 16 states of Mexico. Haplotypes obtained with the pcr and rflp technique were analyzed; Phist distances were estimated with the arlequin 3.0 program. The results showed that the different populations are presented in a continuum of genetic flow throughout the country, greater among urban populations, but with differences between large regions and within them. The division into two large branches occurs in a range between 0 and 0.19. The Southeast (Yucatan, Campeche and Maya in general) and the Zapotec are separated from the rest of the groups, and these, in turn, are subdivided coinciding with Mesoamerica sometimes and sometimes not.  No se sabe si la variabilidad de una población en tiempos prehispánicos conformaba una población conjunta de distintos orígenes si convivía como grupo cultural pero separada en estratos (de distinto origen), o bien, si su diversidad era semejante a otras regiones, sitios o poblaciones. En tanto no se tengan suficientes muestreos genéticos de restos arqueológicos de distintos periodos es imposible definir a Mesoamérica en términos de herencia biológica. Sin embargo, podría suponerse que antes de los eventos posthispánicos, el flujo de genes estuvo condicionado, en principio, por las distancias y las dificultades geográficas respecto al comercio y las relaciones sociales. Así, con el objeto de analizar cuánto de la distribución genética corresponde al área mesoamericana –y tomando en cuenta que el concepto mismo ha estado en debate– con base en marcadores fundadores de adn mitocondrial, se exponen datos a partir de poblaciones urbanas y hablantes de lenguas indígenas de 16 estados de México. Se analizaron haplotipos obtenidos con la técnica de pcr y rflp; las distancias Phist se estimaron con el programa arlequin 3.0. Los resultados mostraron que las distintas poblaciones se presentan en un continuum de flujo genético en todo el país, mayor entre las poblaciones urbanas, pero con diferencias tanto entre grandes regiones como dentro de las mismas. La división en dos grandes ramas se da en un rango de entre 0 y 0.19. El sureste (Yucatán, Campeche y mayas) junto con los zapotecos se separan del resto de los grupos, y éstos, a su vez, se subdividen coincidiendo con Mesoamérica algunas veces y otras no.