The present work was carried out with the aim of analyzing and describing the seed proteome of Pinus patula and Pinus greggii. The analysis was performed using the "shotgun" ("gel-free") strategy. Proteins were extracted using the TCA/Phenol/Acetone protocol, subsequently separated by liquid chromatography and analyzed by mass spectrometry (nLC LTQ Orbitrap). Protein identification was performed by consulting the specific database for Pinus spp and functional classification taking into account the three functional terms (biological processes, cellular components and molecular functions) of Gene Ontology. To extract relevant Gene Ontology terms, a singular enrichment analysis (SEA) was performed, the terms were considered relevant for a minimum threshold of significance FDR < 0.05. After analyzing protein profiles, a total of 1091 proteins were identified, 362 proteins common in both species, 100 exclusives to P. greggii and 267 exclusive proteins to P. patula. The comparative analysis of the distribution of proteins as a function of the three functional terms reveals similarity between the two species. The most abundant proteins were associated with oxidation-reduction processes, in terms of cellular components; in both species integral membrane proteins predominate. Regarding molecular function, the predominant expression of proteins in both species was related to ATP synthesis. The metabolic pathway with the highest participation of proteins (17 in P. greggii and 19 in P. patula) was the glycolysis/gluconeogenesis pathway. These results demonstrate that there is little genetic variability between the two species, with proteins associated with metabolic processes prior to germination prevailing.El presente trabajo se llevó a cabo con el objetivo de analizar, describir y comparar el proteoma de la semilla de Pinus patula y Pinus greggii. El análisis se realizó utilizando la estrategia "shotgun". Las proteínas se extrajeron mediante el protocolo del ácido tricloroacético / Fenol / Acetona, se separaron por cromatografía líquida y se analizaron por espectrometría de masas. La identificación de proteínas se realizó consultando la base de datos específica para Pinus spp. y la clasificación funcional, teniendo en cuenta los tres términos funcionales (procesos biológicos, componentes celulares y funciones moleculares) de la Gene Ontology. Para extraer los términos relevantes de la Gene Ontology se realizó un análisis de enriquecimiento singular. Se identificaron 1091 proteínas, 362 proteínas comunes a ambas especies, 100 exclusivas de Pinus greggii y 267 exclusivas de Pinus patula. El análisis comparativo de la distribución de proteínas en función de los tres términos funcionales reveló la similitud entre las dos especies. Las proteínas más abundantes se asociaron a procesos de oxidación-reducción. En cuanto a los componentes celulares, en ambas especies predominan las proteínas integrales de membrana. En cuanto a la función molecular, la expresión mayoritaria de las proteínas en ambas especies estaba relacionada con la síntesis de ATP. La vía metabólica con mayor participación de proteínas fue la vía de la glicólisis/gluconeogénesis. Estos resultados demuestran que hay poca variabilidad genética entre las dos especies, debido a la similitud de sus perfiles proteicos, prevaleciendo las proteínas asociadas a los procesos metabólicos previos a la germinación.