Studies that evaluate conservation status of ecosystems in Mexico often lack the integration of some theoretical bases as well as some methodological tools that landscape ecology offers. This situation imposes limitations for the implementation of more adequate management, restoration and conservation strategies. In this study we propose a four stage method in order to characterize the biophysical environment and to estimate the vegetation conservation status in a highly environmentally heterogeneous basin, under strong anthropogenic pressure. The stages were: 1) delimitation and characterization of environmental units based on biophysical conditions, 2) quantification of vegetation structure and composition, 3) classification of the species according to their functional responses, and 4) evaluation of the conservation status based on the community structure and composition. As a result, biophysical units showed differences in richness, diversity, and in the importance index values of native, weed and introduced species. Plant functional groups were identified; they comprised different environmental responses in a conservation gradient in the biophysical units. Through the canonical correspondence analysis, it was demonstrated that composition is mainly related to the light regime, temperature, humidity and some soil conditions. Significant differences in the conservation status of the biophysical units were found. Therefore vegetation composition is an important indicator of the conservation status; its definition helps to generate punctual strategies for conservation planning.Los estudios que evalúan el estado de conservación de los ecosistemas en México a menudo no integran bases teóricas o herramientas metodológicas que ofrece la ecología del paisaje. Esta situación limita la posibilidad de construir estrategias de manejo más adecuadas, así como acciones de restauración y conservación. En este estudio se propuso un método de cuatro etapas para caracterizar el ambiente biofísico y estimar el estado de conservación de la vegetación en una cuenca con alta heterogeneidad ambiental y fuerte presión antropogénica. Las etapas fueron: 1) delimitación y caracterización de unidades de ambientales en base a las condiciones biofísicas, 2) cuantificación de la estructura y composición de la vegetación, 3) clasificación de las especies de acuerdo a sus respuestas funcionales, y 4) evaluación del estado de conservación basado en la estructura y la composición. Como resultado, las unidades biofísicas tuvieron diferencias en su riqueza, diversidad, valor de importancia de las especies nativas, malezas e introducidas. Se identificaron grupos funcionales de plantas con diferentes respuestas ambientales y que reflejan un gradiente de conservación de las unidades biofísicas. A través de análisis de correspondencia canónica se demostró que esta composición estuvo principalmente relacionada con la luz, temperatura, humedad y algunas condiciones del suelo. Se encontraron diferencias significativas del grado de conservación entre las unidades biofísicas. La composición de la vegetación fue un indicador importante del estado de conservación, lo cual ayudará a generar estrategias de gestión puntuales en la planificación o proceso de conservación.