En la actualidad, tanto los docentes como los investigadores de la didáctica de las Ciencias Naturales comparten la preocupación ante la realidad que implica el aprendizaje de la Biología. El presente estudio tuvo como objetivo general, develar los núcleos problemáticos del aprendizaje de la Biología, desde la perspectiva de los propios estudiantes. Se utilizó una metodología con un enfoque cualitativo de carácter descriptivo-interpretativo, privilegiando la entrevista como instrumento para recolectar la información. Se entrevistaron 365 estudiantes de nueve (9) instituciones educativas, ubicadas en el municipio Maracaibo del estado Zulia. Los núcleos problemáticos develados están relacionados con: la motivación, la metacognición, las ideas previas, el lenguaje de las ciencias y aspectos relacionados con el docente. Se evidenciaron una serie de interconexiones demostrando que estos problemas no se presentan aislados, al contrario, son interdependientes y en la medida que se establecen mas conexiones entre ellos la situación se complejiza.