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Importance of mutations in amino acid 484 of the Spike protein of SARS-CoV-2: rapid detection by restriction enzyme analysis: Importancia de las mutaciones en el amino acido 484 de la Espiga del SARS-CoV-2: identificación rápida por análisis con enzimas de restricción
Importancia de las mutaciones en el amino acido 484 de la Espiga del SARS-CoV-2: identificación rápida por análisis con enzimas de restricción: Importance of mutations in amino acid 484 of the Spike protein of SARS-CoV-2: rapid detection by restriction enzyme analysis
Autor
Jaspe, Rossana C.
Sulbarn, Yoneira
Loureiro, Carmen L.
D ́Angelo, Pierina
Rodríguez, Lieska
Garzaro, Domingo J.
Rangel, Héctor R.
Pujol, Flor H.
Institución
Resumen
Variants of Concern of SARS-CoV-2 (VOCs), the new coronavirus responsible for COVID-19, have emerged in several countries. Mutations in the amino acid 484 of the Spike protein are particularly important and associated with some of these variants: E484K or E484Q. These mutations have been associated with evasion to neutralizing antibodies. Restriction enzyme analysis is proposed as a rapid method to detect these mutations. A search on GISAID was performed in April 2021 to detect the frequency of these two mutations in the sequence available and their association with other lineages. E484K, present in some VOCs, has emerged in several other lineages and is frequently found in recent viral isolates. A small amplicon from the Spike gene was digested with two enzymes: HpyAV, and MseI. The use of these two enzymes allows the detection of mutations at position 484, and to differentiate between these three conditions: non-mutated, and the presence of E484K or E484Q. A 100% correlation was observed with sequencing results. The proposed methodology, which allows for the screening of a great number of samples, will probably help to provide more information on the prevalence and epidemiology of these mutations worldwide, to select the candidates for whole-genome sequencing. En varios países han surgido variantes de preocupación del SARS-CoV-2 (VOC), el nuevo coronavirus responsable de la COVID-19. Las mutaciones en el aminoácido 484 de la proteína de la Espiga (S) son particularmente importantes y están asociadas con algunas de estas variantes: E484K o E484Q. Estas mutaciones han sido asociadas a evasión de la respuesta de anticuerpos neutralizantes. Se propone el análisis con enzimas de restricción como un método rápido para detectar estas mutaciones. En abril de 2021 se realizó una búsqueda en GISAID para detectar la frecuencia de estas dos mutaciones en la secuencia disponible y su asociación con otros linajes. La mutación E484K, presente en algunas VOCs, ha surgido en varios otros linajes y se encuentra con mayor frecuencia en aislados virales recientes. Se generó un producto amplificado de un fragmento pequeño del gen S, que fue digerido con dos enzimas: HpyAV y MseI. El uso de estas dos enzimas permite detectar la mutación en la posición 484 y diferenciar entre estas 3 condiciones: no mutado y la presencia de E484K o E484Q. Se observó una correlación del 100% con los resultados de la secuenciación. La metodología propuesta, que permite el cribado de un gran número de muestras, probablemente ayudará a proporcionar más información sobre la prevalencia y epidemiología de estas mutaciones en todo el mundo, para seleccionar los candidatos para la secuenciación del genoma completo.
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