RESUMEN: La presencia de mosquitos vectores que explotan hábitats urbanos y generan riesgo epidemiológico en la transmisión de enfermedades tropicales emergentes y reemergentes impulsan el establecer procedimientos rápidos y eficaces que posibiliten la identificación de especies con interés en salud pública. El método código de barras (“DNA barcode”) utiliza secuencias de un fragmento del gen citocromo c oxidasa I para la identificación de un amplio rango de especies animales y representa una alternativa a evaluar en grupos de interés en medicina tropical. En nuestro estudio, se realizaron colectas entomológicas en criaderos de áreas urbanas en Armenia y Circasia (Quindío-Colombia) para identificar morfológicamente larvas de culícidos y evaluar el método de código de barras. Secuencias ADN fueron obtenidas para 56 culícidos inmaduros de Aedes (Stegomyia) aegypti, Culex (Culex) quinquefasciatus, Cx. (Phenacomyia) corniger, Cx. (Culex) nigripalpus y Cx. (Culex) grupo Coronator. Se estimó la diversidad genética, distancias genéticas intra/inter-especie y dendrogramas de “neighbor-joining”. Los resultados permitieron la separación de los mosquitos y el potencial uso del marcador en genética de poblaciones. Sin embargo, la especie del subgénero Culex, grupo Coronator, no presentó información suficiente para la discriminación taxonómica. A nivel epidemiológico, las especies urbanas identificadas presentan antecedentes en la transmisión de alfavirus y flavivirus emergentes de interés en la salud pública colombiana donde el uso de códigos de barra puede facilitar estudios de ecología de mosquitos en áreas urbanas y la vigilancia epidemiológica de patógenos emergentes.ABSTRACT: The exploitation of urban habitats by mosquitoes species contributes to the epidemiological risk of transmission of emerging and re-emerging tropical diseases, indicating the need to establish fast and effective procedures than enable the taxonomic identification of species of interest to public health. DNA-barcode methodology uses sequences of mitochondrial cytochrome c oxidase I genes for the identification of a wide range of animal species and is an alternative evaluation tool for important groups of tropical medical importance. In this study, entomological samplings were performed at breeding sites of urban areas in Armenia and Circasia (Quindío-Colombia) in order to identify the morphology of mosquito larvae and to assess DNA-barcodes. Fifty-six (56) DNA-barcode sequences were obtained for immatures of the Aedes (Stegomyia) aegypti, Culex (Culex) quinquefasciatus, Cx. (Phenacomyia) corniger, Cx. (Culex) nigripalpus, and Cx. (Culex) Coronator groups and estimates of genetic diversity, intra/inter-species genetic distances, and neighbor-joining dendrograms were found. The results allowed for the taxonomic identification of mosquitoes and the separation of potentially useful molecular markers within the genetics of these populations; however, for species belonging to the Culex–Coronator group, the molecular markers had insufficient information for the taxonomic separation of species. Epidemiologically, urban mosquitoes identified have been implicated in the past in the transmission of emerging and re-emerging alphavirus and flavivirus of interest to Colombian public health. Thus, the use of DNA-barcoding may be useful in ecological studies in urban areas and in the epidemiological surveillance of emerging pathogens .COL0140139