In floodplain environments, dam construction can alter connectivity, sediment transport and water discharge in these systems, and cause a process known as biotic homogenization (i.e. reduction in beta diversity). Beta diversity (β diversity) is a fundamental component of biodiversity and changing species composition over time and space is not only a topic of theoretical interest but also has important implications for regional biodiversity planning. Considering this, the possible changes of taxonomic β diversity along a temporal and spatial gradient were investigated in two subsystems of a neotropical floodplain, one of them being impacted by dams and the other free of dams along its course. For the spatial analysis, the results contradict our prediction, so that the Paraná subsystem, strongly impacted by a series of upstream reservoirs, showed no tendency to reduce the β diversity, presenting a pattern similar to that observed for the non-impacted subsystem. In this sense, a process of biotic homogenization was not observed for the community of ciliated protists downstream of the buses. In addition, the turnover component was the most important, showing a high environmental heterogeneity in the studied systems. For the temporal analysis, there was a significant change in species composition from the first to the last year analyzed, only for the subsystem impacted by dams (Paraná), and this increase in β diversity over time was determined mainly by species loss.CAPESEm ambientes de planície de inundação, a construção de barragens pode alterar a conectividade, o transporte de sedimentos e a descarga de água nesses sistemas, causando um processo conhecido como homogeneização biótica (i.e., redução na diversidade beta). A diversidade beta (β) é um componente fundamental da biodiversidade e a alteração na composição de espécies ao longo do tempo e espaço não é apenas um tópico de interesse teórico, mas também tem importantes implicações para o planejamento regional da biodiversidade. Investigou-se as possíveis alterações da diversidade β taxonômica ao longo de um gradiente temporal e espacial em dois subsistemas de uma planície de inundação neotropical, sendo um deles impactado por barragens e outro livre de barragens ao longo de seu curso. Para a análise espacial, os resultados obtidos demonstraram a negativa da predição principal de que a diversidade β sofreria forte impacto, de forma que o subsistema Paraná, fortemente impactado por uma série de reservatórios a montante, não indicou nenhuma tendência de redução da diversidade β, apresentando padrão similar àquele observado para o subsistema não impactado. Desta forma, não se observou um processo de homogeneização biótica para a comunidade de protistas ciliados à jusante dos barramentos. Destaca-se também, o componente turnover como o mais importante, evidenciando uma alta heterogeneidade ambiental nos sistemas estudados. Para a análise temporal, observou-se uma alteração significativa da composição de espécies, desde o primeiro até o último ano analisado, somente para o subsistema impactado por barragens (Paraná), sendo esse incremento na diversidade β ao longo do tempo determinado sobretudo, pela perda de espécies.28 f. : il. (algumas color.).