Dissertação de Mestrado apresentada sob orientação da Profª Drª Maria Manuela da Fonseca Moura do Programa de Pós- Graduação em Biologia Experimental, Área de concentração: Relação Patógeno- Hospedeiro. Orientador(a): Prof.ª Dra. Maria Manuela da Fonseca MouraA tuberculose (TB) é uma doença crônica de rápido contágio em aglomerados populacionais como as unidades prisionais provocada pelo Mycobacterium tuberculosis. Devido à sua resistência a diversos fármacos novas estratégias são necessárias para o controle da TB. Neste trabalho realizou-se a identificação molecular de isolados de M. tuberculosis da população masculina em três unidades prisionais do município de Porto Velho, Rondônia, e os dados foram comparados com os da população em geral no período de janeiro de 2014 a junho de 2015. É um estudo transversal realizado na Casa de Detenção Dr. José Mário Alves da Silva (Urso Branco), Penitenciária Estadual Ênio dos Santos Pinheiro e Penitenciária Estadual Edvan Mariano Rosendo (Panda). As amostras foram analisadas no Laboratório Central de Saúde Pública de Rondônia e Laboratório de Biologia Molecular aplicada a Micobactérias da Fundação Oswaldo Cruz/ Rio de Janeiro. Amostras de escarro foram submetidas à baciloscopia, cultura para micobactérias, teste de sensibilidade aos antimicrobianos e identificação molecular pela técnica de Spoligotyping. Em nosso estudo, as análises por Spoligotyping demonstraram a atual situação dos isolados de M. tuberculosis circulantes na região havendo a predominância de 62,8% (140/223) da família LAM, seguido da família X com 11,6% (26/223), perfis novos em 9,4% (21/223), Haarlem 7,6% (17/223) e família T com 4% (9/223). Foram encontradas sublinhagens LAM 1, LAM 2, LAM 3, LAM 4, LAM 5, LAM 6, LAM 9, LAM 11-ZWE, X1, X2, X3, T1, T2, T3, AMBIGOUS: T3T2, EAI5 e EAI6-BGD1, e ainda 21 amostras com perfis novos e quatro perfis com famílias mal definidas com SIT 4, SIT 232, SIT 402, e SIT 2110. A população geral apresentou uma diversidade de 59 perfis em comparação com a população privada de liberdade, que apresentou apenas 22. As unidades prisionais apresentaram formação de grupos específicos de aglomerações como observado na família LAM em número significativamente maior e exclusividade da subfamília T3. Apenas 11 SIT se repetem tanto no presídio quanto na população o que representa 18,3% de similaridade dos SIT entre a população geral e presídios. Verifica-se que os índices de TB se mantem praticamente nos mesmos patamares há décadas, e no município de Porto Velho, são necessárias políticas públicas de saúde para a diminuição dos casos de TB com a implementação da busca ativa de sintomáticos respiratórios na população geral assim como na carcerária.