Tese de Doutorado, apresentada junto ao Programa de Pós-graduação em Desenvolvimento Regional e Meio Ambiente. Área de Concentração em Ambiente, Saúde & Sustentabilidade. Requisito para obtenção do Título de Doutor em Desenvolvimento Regional e Meio Ambiente.Orientador: Prof. Dr. Wanderley Rodrigues Bastos.O sistema agroflorestal (SAF) é uma categoria de uso da terra que integra no mesmo espaço geográfico: plantas lenhosas perenes com cultivos agrícolas e / ou criação de animais. Este sistema de produção agrícola, além de gerar renda e alimentos e, em virtude das mudanças no uso e cobertura da terra, em curso no sul do Amazonas, é apontado como estratégico na mitigação das emissões de dióxido de carbono (CO2) e, é uma alternativa de uso da terra capaz de atenuar a remobilização de mercúrio em solo cultivado. Neste contexto, o objetivo do presente estudo foi analisar em diferentes categorias e classes de uso e cobertura da terra a dinâmica do carbono orgânico e do mercúrio total enquanto potenciais indicadores de qualidade ambiental do ecossistema solo, sob vegetação nativa e cultivada no assentamento rural Umari, Lábrea sul do Amazonas. Foram utilizados quatro métodos: i) processamento digital de imagem e confecção de mapas temáticos; ii) instalação de parcelas fixas e escavações de perfis pedológicos e monólitos de solo; iii) determinação dos teores de Hg e teores de carbono orgânico do solo; e iv) análise estatística e geoestatística. Os solos amostrados nos sistemas agroflorestais (SAF’s) com dez anos ou mais de implantação apresentaram elevada capacidade de renteção de carbono (EC) de 0 – 20cm no SQF15 (24,99 Mg C. ha), SAF19 (26,31 Mg C. ha) e SQF≥1035 (30,16 Mg C. ha); e mercúrio (Hg) SQF≥1035a (180 ng/g), SQF≥1039 (218 ng/g) e SQF15 (273 ng/g) quanto comparado aos EC e Hg registrados em solo sob agricultura itinerante (Ai) (EC = 12,35 Mg C. ha e Hg = 75 ng/g) e agricultura itinerante com pousio de treze anos (Aip13) (EC =13,66 Mg C. ha e Hg = 124 ng/g). Os teores de CO e Hg observados no SAF são proporcionais aos registrados em solo sob Floresta nativa (EC = 31,42 Mg C. ha e Hg = 196 ng/g), usada como referência. Portanto, os SAF’s, a médio e longo prazo, devido ao baixo revolvimento do solo promovem melhorias, a qualidade do solo e contribuem no aumento dos estoques de carbono e na reternção de mercúrio entre outros elementos traços depositados no solo na forma gasosa e / ou particulada.