Dissertação apresentada ao Programa de PósGraduação em Biologia Experimental/UNIR, para obtenção do título de Mestrado em Ciências Biológicas com ênfase em Virologia Orientadora: Dra. Deusilene de Souza Vieira Dall’Acqua Co-orientadora: Dra. Genimar Rebouças JuliãoArbovírus são vírus transmitidos principalmente por artrópodes. Importantes arbovírus como o vírus da dengue constantemente causam surtos, gerando milhões de casos em quase todos os países. Além do que, nas últimas décadas diversos arbovírus emergiram e/ou reemergiram em países do Novo Mundo. Vírus que antes eram restritos as regiões da África e talvez da Ásia, como o vírus Zika e o vírus chikungunya, invadiram novos continentes causando grandes transtornos na saúde pública. Atualmente aproximadamente 300 espécies de mosquitos podem transmitir arbovírus, sendo o Aedes spp e o Culex spp os principais vetores de importância médica em seres humanos. A maioria dos arbovírus é mantido circulante entre os animais silvestres e ações desenvolvidas pelo homem em áreas florestais constituem risco evidente de contaminação por arbovírus uma vez que os animais e vetores são deslocados dos seus ambientes naturais e se mantêm próximos ao homem. A identificação de mosquitos transmissores de arbovírus é essencial para o controle desses vetores, geralmente a partir das características morfológicas que distinguem as espécies de mosquitos, porém, esse método de identificação apresenta limitações, sendo de extrema importância a utilização de métodos moleculares que aperfeiçoe e facilite a correta identificação da diversidade biológica. Este trabalho teve como objetivos (i) descrever a frequência de espécies de Culicinae capturadas em três áreas florestais do estado de Rondônia; (ii) testar a região 5’ do gene COI como marcador molecular para identificação de morfotipos do gênero Culex; e identificar e caracterizar molecularmente arbovírus em mosquitos. A captura dos mosquitos foi realizada nas áreas florestais de Santo Antônio, São Vicente e Flona do Jamari, utilizando armadilhas CDC e BG. A identificação por DNA Barcode de morfotipos de Culex foi através do gene mitocondrial Citocromo C Oxidase 1 (COI). Mosquitos selecionados da subfamília Culicinae foram processados para detecção de flavivírus, vírus chikungunya, vírus Mayaro e vírus Oropouche por PCR convencional. Dos espécimes de mosquitos analisados para detecção de arbovírus, os gêneros mais predominantes foram Culex (43,46%), Coquillettidia (20,85%), Aedeomyia (19,8%), Mansonia (9,4%) e Aedes (1,9 %). Dez sequências foram obtidas do gene COI a partir de morfotipos do gênero Culex. A análise molecular das sequências do gene COI permitiu a identificação das espécies Culex bastagarius e Culex idottus entre os exemplares de morfotipos de Culex. Em dois exemplares não foi possível identificar a espécie, provavelmente devido à ausência de sequência do gene COI conhecida ou depositada no GenBank. Observou-se que o marcador do gene COI provavelmente não é eficaz na diferenciação de espécies do complexo Coronator de Culex. Do total de 3.837 espécimes de Culicinae analisados nenhum foi positivo para arbovírus. Potenciais vetores de arbovírus foram analisados no presente estudo. A identificação de morfotipos do gênero Culex através da região 5’ do gene COI mostrou ser marcador eficaz, sendo necessários mais estudos para depósito no banco de dados das sequências do COI das diferentes espécies deste gênero. Arbovírus de extrema importância médica foram pesquisados em Culicinae nesse estudo, porém, é comum em estudos com mosquitos, encontrar baixas taxas de infecção, assim como amostra sem nenhum indivíduo infectado, pois, alguns fatores como a baixa carga viral, o período de não epizootia durante a captura, assim como a quantidade de espécimes analisadas, podem ter influenciado na ausência de detecção de mosquitos infectados por arbovírus.