Dissertação
Ferramenta (RGeasy®) de análise de genes de referência para estudos de expressão via RT-qPCR
Registro en:
SOUSA, Micaele Rodrigues de. Ferramenta (RGeasy®) de análise de genes de referência para estudos de expressão via RT-qPCR. 2021. 106f. Dissertação (Mestrado em Agroenergia) – Universidade Federal do Tocantins, Programa de Pós-Graduação em Agroenergia, Palmas, 2021.
Autor
Souza, Micaele Rodrigues de
Institución
Resumen
Gene expression through RT-qPCR can be performed by the relative quantification method,
which requires the expression normalization through reference genes. Therefore, it is essential
to validate, experimentally, the chosen reference genes. Thus, although there are several studies
that are conducted to identify the most stable reference genes, most of these studies validate
genes for very specific conditions, not exploring the whole potential of the research. It turns out
that new experiments must be conducted for those that have interest in analyzing gene
expression of treatments and/or conditions not explored in these studies. In this study, we
present the software RGeasy, which aims to facilitate the selection of reference genes, allowing
the user to choose genes for a higher number of combinations of treatments/conditions,
compared to the ones present in the literature with just a few clicks. RGeasy was validated with
data from gene expression studies performed in Coffea arabica and Coffea canephora, however
it can provide information for all species from these three groups: animals, plants, and
microorganisms. In addition to display a rank of the most stable reference genes for each
condition or treatment, the user also has access to primer pairs for the selected reference genes. A quantificação da expressão gênica via RT-qPCR pode ser obtida, a partir da expressão
relativa, que é normalizada por meio de genes de referência. Dessa forma, é essencial que os
genes propostos como genes de referência sejam validados experimentalmente. Assim, vários
estudos são desenvolvidos, para identificar o gene mais estável, entretanto a maioria dessas
pesquisas validam genes a situações muito específicas, não explorando todo o potencial da
pesquisa já realizada. Essa situação faz com que seja necessária a realização de novos
experimentos por parte daqueles que têm interesse em analisar a expressão gênica em
combinações de tratamentos e/ou condições não abordadas pelos pesquisadores. Neste estudo,
apresentamos o RGeasy que visa facilitar a escolha de genes de referência, permitindo a seleção
de genes, para maior número de combinações de tratamentos/condições que as disponibilizadas
na literatura, por meio apenas de alguns cliques. O RGeasy foi validado com um conjunto de
dados de Coffea arabica e Coffea canephora, porém ele poderá fornecer informações de todas
as espécies, divididas em três categorias: animal, vegetal e microrganismo. Além de ter acesso
ao ranking dos genes de referência mais estáveis, para cada condição ou tratamento, o usuário
tem acesso a um conjunto de primers para cada um dos genes selecionados.