CapesOs ecossistemas costeiros amazônicos são considerados de importância biológica, dada a abundância de peixes nos estuários que detêm altos índices de riqueza e diversidade da ictiofauna. Os peixes nativos estão susceptíveis em adquirir várias infecções parasitárias por diversos tipos de microparasitos, visto que seu habitat facilita sua propagação e desenvolvimento. Entre os recursos deste ambiente estuarino que apresentam relevância na participação da produção pesqueira, destacaremos as espécies Batrachoides surinamensis e Menticirrhus americanus, aqui estudados com o objetivo de descrever as características morfológicas e moleculares de microparasitos eucariotos (microsporídios e mixosporídios), encontrados nestes peixes provenientes do município de Viseu / Pará. Os exemplares foram coletados bimestralmente, necropsiados e seus órgãos analisados em ML. Dos órgãos parasitados foram retirados fragmentos e/ou cistos, fixados e processados para microscopia de luz e biologia molecular. Para os estudos filogenéticos, a análise foi efetuada pelos métodos de inferência Bayesiana e distância genética (p). A partir das análises realizadas foram diagnosticados dois filos de microparasitos eucariotos, o Cnidaria e o Microsporidia. Os resultados reportam a estudos morfológicos e filogenéticos. Para B. surinamensis foi descrita espécie de microparasito de tecido muscular, Kudoa viseuensis n. sp. com prevalência parasitária de 86%; e também, ocorrência do gênero Ellipsomyxa na vesícula biliar e de um mixosporídio não identificado na bexiga urinária com prevalência de 56% e 48%, respectivamente. Para M. americanus observou-se a presença de xenomas na mucosa gástrica onde 20% dos hospedeiros analisados estavam parasitados por microsporídio. As infecções apresentadas por esses mixosporídios e microsporídios não haviam ainda sido descritas na literatura para essas espécies. São necessários estudos complementares mais detalhados em microscopia eletrônica de transmissão e de varredura, assim como de biologia molecular, para a confirmação das demais espécies parasitárias. Tendo em vista a diversidade e patogenicidade destes microparasitos da ictiofauna amazônica, afirmamos a necessidade de se intensificar o estudo para contribuir com o conhecimento do estado sanitário desses peixes frequentes na pesca artesanal no nordeste paraense.The amazonian coastal ecosystems are biologically important, once the abundance of fish in estuaries shows high rates of richness and diversity of ichthyofauna. Native fish are susceptible to acquiring various parasitic infections by various types of microparasites, since their habitat facilitates its propagation and development. Among the resources that have relevance in the fishery production in this environment, we highlight the species Batrachoides surinamensis and Menticirrhus americanus, studied here with the aim of describing the morphological and molecular characteristics of the eukaryotic microparasites (microsporids and myxosporidia) found in these fish from the municipality of Viseu / Pará. Every two months the specimens were collected, necropsied and their organs analyzed in ML. From the parasitized organs fragments and / or cysts were removed, fixed and processed for light microscopy and molecular biology. For phylogenetic studies, the analysis was performed by Bayesian inference and genetic distance (p) methods. Based on the analysis, two phyla of eukaryotic microparasites, Cnidaria and Microsporidia, were diagnosed. The results refer to morphological and phylogenetic studies. For B. surinamensis, a microparasite species of muscular tissue, Kudoa viseuensis n. sp. with parasitic prevalence of 86%; and also, occurrence of the genus Ellipsomyxa in the gallbladder and an unidentified urinary bladder myxosporidium with a prevalence of 56% and 48%, respectively. For M. americanus the presence of xenomas in the gastric mucosa was observed where 20% of the analyzed hosts were parasitized by microsporidium. The infections presented by these mixosporids and microsporids had not yet been described in the literature for these species. More detailed complementary studies are required in transmission and scanning electron microscopy, as well as in molecular biology, to confirm the other parasitic species. In view of the diversity and pathogenicity of these microparasites of the Amazonian ichthyofauna, we affirm the need to intensify the study to contribute to the knowledge of the sanitary status of these fishes in artisanal fishing in northeastern Pará.