Anaplasmose e Babesiose são doenças endêmicas em rebanhos bovinos e bubalinos em regiões tropicais e subtropicais do mundo, as quais, na maioria das vezes, não são diferenciadas e, popularmente, denominadas como Tristeza Parasitária Bovina (TPB). Na América do Sul ambas patologias estão estritamente relacionadas à ocorrência do carrapatodos-bovinos, Rhipicephalus microplus, principal vetor de Anaplasma marginale, Babesia bovis e Babesia bigemina. Em ambas hemoparasitoses, a participação da transmissão vertical dos agentes patogênicos é considerada sem importância epidemiológica, tanto em bovinos quanto em bubalinos. Buscou-se estabelecer a participação epidemiológica da transmissão transplacentária de A. marginale e B. bovis, assim como a participação dos artrópodes parasitas na epidemiologia da Babesiose e da Anaplasmose em rebanhos bovídeos estabelecidos na Amazônia através da pesquisa molecular. A reação em cadeia da polimerase (PCR) e a nested PCR (nPCR) foram utilizadas, respectivamente, para o diagnostico específico de A. marginale e B. bovis a partir de amostras de DNA provenientes de bovinos, bubalinos e artrópodes parasitos colhidos nos rebanhos. Os resultados revelaram que todas as vacas bovinas estavam infectadas por A. marginale no momento do parto e a taxa de infecção congênita observada foi de 81,25% (13/16). A taxa de infecção por B. bovis nas vacas bovinas foi de 93,75% (15/16) e a taxa de infecção congênita observada foi de 81,25% (15/16). Em bubalinos, a taxa de infecção por A. marginale nas vacas no momento do parto foi de 61,54% (8/13) com uma taxa de infecção congênita de 23,08% (3/13). A taxa de infecção por B. bovis nas vacas foi de 53,84% (7/13) com uma taxa de infecção congênita de 30,77% (4/13). Todos os animais eram portadores assintomáticos dos agentes causadores da TPB. A taxa de infecção encontrada nas larvas de carrapatos foi 44,4% (200/450) para A. marginale e 55,9% (247/450) para B. bovis. A taxa de infecção em dípteras hematófagos, espécimes adultos de mosca-dos-chifres, Haematobia irritans, coletados sobre bovinos apresentaram taxa de infecção de 11,4% (27/236) para A. marginale e de 9,3% (22/236) para B. bovis, enquanto que na mosca-dos-estábulos, Stomoxys calcitrans, coletadas sobre bubalinos apresentaram uma taxa de infecção de 1,5% (1/65) para A. marginale e de 12,3% (8/65) para B. bovis. As taxas de transmissão transplacentária observadas demonstram que essa é uma importante via envolvida na epidemiologia da TPB em rebanhos bovinos e bubalinos, porém, vem sendo subestimada sua participação na epidemiologia da infecção tanto por A. marginale quanto B. bovis no Brasil. A participação de dípteras hematófagos na epidemiologia da TPB necessita de maiores esclarecimentos, principalmente no que se refere à viabilidade de infecção dos parasitas presentes no aparelho bucal destes dípteras para o hospedeiro vertebrado.Anaplasmosis and Babesiosis are endemic diseases in cattle and buffaloes in tropical and subtropical regions of the world, and those, in the most of the time they are not differentiated and is known as cattle tick fever (CTF). In South America, both pathologies are directly related to the occurrence of the cattle tick, Rhipicephalus microplus, main vector of Anaplasma marginale, Babesia bovis and Babesia bigemina. In both hemoparasites diseases, the participation of the vertical transmission of the pathogens is considered without epidemiological importance, both in cattle and in buffaloes. We sought to establish the epidemiological participation of the transplacental transmission of A. marginale and B. bovis, as well as a participation of arthropods parasites in the epidemiology of anaplasmosis and babesiosis in bovine and buffaloes herds in Amazonia through molecular approaches. The polymerase chain reaction (PCR) and the nested PCR (nPCR) were used, respectively, for the specific diagnosis of A. marginale and B. bovis from bovine, buffalo and arthropod DNA samples collected in herds. The results showed that all bovine cows were infected by A. marginale at birth and the congenital infection rate was 81.25% (13/16). The rate of B. bovis infection in bovine cows was 93.75% (15/16) and a congenital infection rate was 81.25% (15/16). In buffaloes, the infection rate of A. marginale in the cows in the moment of birth was 61.54% (8/13) with a congenital infection rate of 23.08% (3/13). The B. bovis rate infection in cows was 53.84% (7/13) with a congenital infection rate of 30.77% (4/13). All animals were asymptomatic carriers of the agents that caused BPS. The prevalence in tick larvae was 44.4% (200/450) for A. marginale and 55.9% (247/450) for B. bovis. In hematophagous dipterans, adults of horn fly, Haematobia irritans, colletcted in cattle have a prevalence of 11.4% (27/236) for A. marginale and 9.3% (22/366) for B bovis , while in Stomoxys calcitrans flies collected on buffaloes showed an infection rate of 1.5% (1/65) for A. marginale and 12.3% (8/65) for B bovis. The observed transplacental transmission rates demonstrate that this is an important epidemiological route in bovine and buffalo herds, but their participation in the epidemiology of A. marginale and B. bovis in Brazil has been underestimated. The participation of hematophagous dipterans in the epidemiology of CTF requires further clarification, especially with regard to the viability of infection of the parasites present in the oral apparatus of these dipterans for the vertebrate host.