O presente estudo visa contribuir para melhorar o conhecimento sobre o Sistema Aquífero Serra Geral (SASG), reconhecendo diferentes tipos geoquímicos de águas subterrâneas e testando a existência de relações com as estruturas tectônicas na região do Alto Rio Uruguai, Noroeste do Estado do Rio Grande do Sul. A metodologia utilizada envolveu a aquisição de dados de poços tubulares georreferenciados da região, traçado de lineamentos morfotectônicos por meio de imagens de satélite e filtragens em Sistema de Informações Geográficas (SIG), geração de mapas temáticos e análise estatística dos dados obtidos. Foram traçados 1.981 lineamentos tectônicos, sendo esses separados por padrões de direções. Os lineamentos de direção NE-E e NW-W são dominantes na área. A variação das Fácies hidrogeoquímicas demonstrou uma correlação positiva com a densidade de lineamentos. As Fácies CaMg e Águas Mistas apresentam características de baixo tempo de residência, estando provavelmente relacionadas à captação de águas associadas a áreas de recarga do SASG, sendo a primeira conectada com lineamentos de direção NE-E e N-NW e a segunda com a direção NW-W. A Fácies Na, relacionada com lineamentos de direção NE-E e NW-W, apresenta valores de pH alcalinos, baixa dureza e elevado teor de Sólidos Totais Dissolvidos (STD), que sugerem mistura com águas provenientes do Sistema Aquífero Guarani (SAG) subjacente. As Fácies FeK e F estão associadas possivelmente com zonas de recarga ascendente do SAG ou mesmo de aquíferos mais profundos, a primeira apresentando conexão com as direções NE-E e NW-W e a segunda com lineamentos N-NE.