Background: Hepatitis B virus (HBV) infection is highly endemic in the Colombian Amazon basin. In Colombia, the universal hepatitis B vaccination in that area has been active since 1993. The program targets children aged under five years. Newborns receive at least three doses, and in 2001, HBV vaccine birth dose was included. This study aimed to evaluate the advances on HBV control in the Colombian Amazon. Methods: A population-based cross-sectional study was conducted in children less than 11 years old in rural areas of the Colombian Amazon, in order to assess the current levels of HBV prevalence and evaluate the effectiveness of HBV vaccination. Participants were selected from villages scattered along the Amazon, Putumayo and Loretoyaco Rivers. Blood samples were taken from children. All the samples were examined for surface antigen (HBsAg) and IgG antibodies against core antigen (AntiHBc) of HBV. Data on HBV vaccination status and other risk factors were also collected. Results: Blood samples from 1275 children were included in the study. The positivity for IgG AntiHBC and HBsAg was 3.8% and 0.5%, respectively. It was observed that receiving a dose of HBV vaccine within 48 h after birth decreased the risk of HBV infection and carriage by 95%. Being born to an AntiHBc positive mother increased 8 times the risk of HBV infection (OR = 7.8 CI 95% 3.3–10.2) and 7 times the risk of HBsAg carriage (OR = 6.6 CI 95% 2.1–10.1). Conclusion: The prevalence of HBV infection and HBsAg carriage continues to decrease among children living in the Colombian Amazon. The high protective effectiveness of an HBV birth does suggest that perinatal transmission is important in endemic areas of Latin America, an aspect that has not been fully studied in the region.Antecedentes: la infección por el virus de la hepatitis B (VHB) es altamente endémica en la cuenca amazónica colombiana. En Colombia, la vacuna universal contra la hepatitis B en esa área ha estado activa desde 1993. El programa está dirigido a niños menores de cinco años. Los recién nacidos reciben al menos tres dosis y, en 2001, se incluyó la dosis de nacimiento de la vacuna contra el VHB. Este estudio tuvo como objetivo evaluar los avances en el control del VHB en la Amazonía colombiana. Métodos: se realizó un estudio transversal basado en la población en niños menores de 11 años en áreas rurales de la Amazonía colombiana, para evaluar los niveles actuales de prevalencia del VHB y evaluar la efectividad de la vacunación contra el VHB. Los participantes fueron seleccionados de aldeas dispersas a lo largo de los ríos Amazonas, Putumayo y Loretoyaco. Se tomaron muestras de sangre de niños. Todas las muestras se examinaron para determinar el antígeno de superficie (HBsAg) y los anticuerpos IgG contra el antígeno del núcleo (AntiHBc) del VHB. También se recogieron datos sobre el estado de vacunación contra el VHB y otros factores de riesgo. Resultados: Se incluyeron muestras de sangre de 1275 niños en el estudio. La positividad para IgG AntiHBC y HBsAg fue de 3.8% y 0.5%, respectivamente. Se observó que recibir una dosis de la vacuna contra el VHB dentro de las 48 h posteriores al nacimiento disminuyó el riesgo de infección y transporte por VHB en un 95%. El hecho de nacer de una madre con AntiHBc positivo aumentó 8 veces el riesgo de infección por VHB (OR = 7,8 IC 95% 3.3–10.2) y 7 veces el riesgo de portar HBsAg (OR = 6.6 IC 95% 2.1–10.1). Conclusión: la prevalencia de la infección por VHB y el transporte de HBsAg continúa disminuyendo entre los niños que viven en la Amazonía colombiana. La alta efectividad protectora de un parto por VHB sugiere que la transmisión perinatal es importante en áreas endémicas de América Latina, un aspecto que no se ha estudiado completamente en la región.