El presente estudio tiene como propósito central analizar el efecto de la implementación de un Laboratorio Virtual de Física aplicando el Software Cocodrilo para el desarrollo de las Competencias en Ciencias Naturales que evalúa el Instituto Colombiano para la Evaluación de la Educación Superior (ICFES), relacionadas con las dimensiones: uso comprensivo del conocimiento científico, explicación de fenómenos e indagación, con estudiantes pertenecientes al grado undécimo de la Institución Educativa Departamental Alfonso López del Municipio de San Sebastián, Magdalena, conformado por tres grupos de estudio del grado undécimo distribuidos en, 25, 18 y 21 estudiantes respectivamente, los cuales tienen 46,88% de hombres y 53,12% porcentaje de mujeres, cuyo rango de edades se encuentra entre16 y 18 años. A nivel metodológico se desarrolla un enfoque cuantitativo a través del paradigma empírico-analitico, con un diseño cuasiexperimental de tipo pretest-postest. Los resultados estadísticos de este estudio demostraron diferencias significativas en la prueba postest de los grupos experimentales 1 y 2 en relación con el grupo control, lo cual es evidencia para considerar esta estrategia pedagógica con efecto significativo para el desarrollo de las competencias y en los procesos de innovación y apropiación social del conocimiento, orientado al mejoramiento de la calidad de la educación.The present study has the central purpose of analyzing the effect of the implementation of a virtual laboratory of physics by applying crocodile software for the development of natural sciences competencies that evaluates the Colombian institute for the evaluation of higher education (ICFES), related to the dimensions: comprehensive use of scientific knowledge and explanation of phenomena and inquiry, with students beloging to the eleventh grade of the Departamental Educational Institution Alfonso Lopez of the municipality of San Sebastian, Magdalena, conformed by three groups of study of the eleventh grade distributed in 25 , 18 , and 21 students respectively which have 46,88% of men and 53,12% percentage of women whose age range is between 16 and 18 years old. At the methodological level, a quantitative approach is developed through the empirical-analytical paradigm, with a quasi-experimental design of pretest-postest type. The statistical results of this study showed significant differences in the postest test of the experimental groups 1 and 2 in relation to the control group, which is evidence to consider this pedagogical strategy with significant effect for the development of the competences and in the processes of innovation and social appropriation of knowledge, aimed at improving the quality of education.