Objectives To establish the association between malnutrition and vaccination and its socioeconomic determinants in children from a post-conflict zone. Methods a sample of 2,183 households with 2,682 children of 0-4 years was extracted from a survey of more than 15,000 persons. Indicators as weight-for-height, height-for-age and weight-for-age were calculated according to the World Health Organization standards. Vaccination status was checked by comparing the report of the vaccination card with the scheme of the Expanded Immunization Plan for the Pentavalent vaccine (Hepatitis B, Haemophilus Influenzae type B and Diphtheria - Whooping cough - Tetanus) for children 2-59 months and the scheme of BCG Tuberculosis and Hepatitis B for children <2 months. A logistic model with clusters per community was estimated to identify factors associated with malnutrition and vaccination. Results The prevalence of low weight, acute and chronic malnutrition was 2.4%, 5.5%, and 8.6% respectively. 96.3% of the children had their vaccines at the right age. Timely vaccination protects against global and acute malnutrition (OR: 0.244 and 0.357 p <0.001). Children with an incomplete vaccination scheme have a 4.6% probability of being underweight, and 12.1% of having acute malnutrition. The education of the mother (OR: 0.543 and 2.269 p <0.001), the socioeconomic level of the household (OR: and 0.811, and 2.631 p <0.001) and the dependency rate of the child under 5 years (OR: 1.22 and 0,546 p <0.001) are common determinants between acute malnutrition and child vaccination status, respectively. Conclusions This article provides evidence of timely vaccination at age as a protective factor for global and acute malnutrition. In addition, it shows the double effect of the socioeconomic conditions of households in the determination of vaccination and the nutritional status of children.Los objetivos Establecer la asociación entre la desnutrición y la vacunación y sus determinantes socioeconómicos en niños de una zona de postconflicto. Los metodos de una encuesta de más de 15,000 personas se extrajo una muestra de 2,183 hogares con 2,682 niños de 0 a 4 años. Los indicadores como peso para la altura, altura para la edad y peso para la edad se calcularon de acuerdo con los estándares de la Organización Mundial de la Salud. El estado de la vacunación se verificó comparando el informe de la tarjeta de vacunación con el esquema del Plan de inmunización ampliado para la vacuna pentavalente (hepatitis B, Haemophilus Influenzae tipo B y Difteria - tos ferina - tétanos) para niños de 2 a 59 meses y el esquema de BCG Tuberculosis y hepatitis B para niños <2 meses. Se estimó un modelo logístico con grupos por comunidad para identificar los factores asociados con la desnutrición y la vacunación. Resultados La prevalencia de desnutrición de bajo peso, aguda y crónica fue de 2.4%, 5.5% y 8.6% respectivamente. El 96,3% de los niños se vacunaron a la edad adecuada. La vacunación oportuna protege contra la desnutrición global y aguda (OR: 0.244 y 0.357 p <0.001). Los niños con un esquema de vacunación incompleto tienen un 4,6% de probabilidad de tener bajo peso y el 12,1% de tener desnutrición aguda. La educación de la madre (OR: 0.543 y 2.269 p <0.001), el nivel socioeconómico del hogar (OR: y 0.811, y 2.631 p <0.001) y la tasa de dependencia del niño menor de 5 años (OR: 1.22 y 0.546 p <0,001) son determinantes comunes entre la desnutrición aguda y el estado de vacunación infantil, respectivamente. Conclusiones Este artículo proporciona evidencia de la vacunación oportuna a la edad como factor protector para la desnutrición global y aguda. Además, muestra el doble efecto de las condiciones socioeconómicas de los hogares en la determinación de la vacunación y el estado nutricional de los niños.