Introdução: A sexualidade e a saúde sexual humana, além de fins reprodutivos, são assuntos de grande importância no consultório médico. Apesar disso, ainda existe uma deficiência na formação dos estudantes brasileiros de medicina quanto a temas como medicina sexual e questões de gênero. Objetivo: Analisar a percepção dos estudantes do internato médico em relação ao ensino da medicina sexual e das questões de gênero. Métodos: Estudo descritivo e transversal com alunos dos dois últimos anos de escolas de medicina do estado de Santa Catarina, através da aplicação de um questionário online autoaplicável e semiestruturado. Resultados: 164 alunos responderam o questionário, sendo que 83,5% (137/164) afirmaram ter tido aulas sobre medicina sexual, enquanto 47% (77/164) afirmaram ter tido aulas sobre questões de gênero. Os participantes julgaram o ensino inadequado na maioria dos temas abordados e não houve diferença significante entre os estudantes de escolas públicas e privadas. 79,9% (131/164) dos estudantes consideraram o ensino da medicina sexual insuficiente ou inadequado, enquanto 87,8% (144/164) avaliaram o ensino das questões de gênero insuficiente ou inadequado. Conclusão: As escolas médicas devem reavaliar o formato do ensino da medicina sexual e das questões de gênero.