This article aimed to analyze the consumption of non-standard drugs in indigenous health, with emphasis on the rationality of pharmacotherapy. A cross-sectional study was conducted, based on secondary data, from the years 2018 and 2019 in the Special Sanitary District of Indigenous Health (DSEI-MG/ES). Non-standard drugs were classified according to the Anatomical Therapeutic Chemical Classification - ATC. Non-parametric tests were used to compare the origin of prescription and the form of acquisition, assessing access to medicines. Rationality was verified through the consumption profile and the therapeutic option in the list of standardized drugs. A total of 1,644 non-standard medications were consumed in the two years, corresponding to 104,928 capsules, tablets, and vials of medications. According to the ATC, 66,967 (66%) belonged to the alimentary tract and metabolism; 17,705 (17%) to the cardiovascular system; 12,961 (12%) to the nervous system. Among the most consumed drugs by the regions, 171 (90%) of the 190 non-standard drugs, had a therapeutic option. The prescriptions were significantly more from the SUS (p <0.001). Significant differences were found in the way the medications were acquired (p > 0.001). The study pointed out a highconsumption of non-standardized drugs, and there may be gaps in therapeutic rationality. In indigenous health, ethnocultural and social issues, such as the medicalization of health, constitute challenges for the access to medicines with rational use, as an attribute of citizenship.Esse artigo visou analisar o consumo de medicamentos não padronizados na saúde indígena, com ênfase na racionalidade da farmacoterapia. Foi realizado um estudo transversal, a partir de dados secundários, dos anos de 2018 e 2019 no Distrito Especial Sanitário de Saúde Indígena (DSEI-MG/ES). Os medicamentos não padronizados foram classificados segundo o Anatomical Therapeutic Chemical Classification - ATC. Para a comparação da origem de prescrição e da forma de aquisição empregou-se testes não paramétricos, avaliando o acesso a medicamentos. A racionalidade foi verificada através do perfil de consumo e da opção terapêutica na lista de medicamentos padronizados. Foram consumidos 1.644 medicamentos não padronizados nos dois anos, o que correspondeu a 104.928 cápsulas, comprimidos e frascosde medicamentos. Segundo a ATC, 66.967 (66%) pertenciam ao trato alimentar e metabolismo; 17.705 (17%) ao sistema nervoso; 12.961 (12%) ao sistema cardiovascular. Dentre os medicamentos mais consumidos pelas regiões, 171 (90%) dos 190 medicamentos não padronizados, possuíam opção terapêutica. As prescrições foram significativamente mais provenientes do SUS (p <0,001). Encontrou-se diferenças significativas na forma de aquisição dos medicamentos (p > 0,001). O estudo apontou elevado consumo de medicamentos não padronizados, podendo existir falhas na racionalidade terapêutica. Na saúde indígena, questões etnoculturais e sociais, como a medicalização da saúde constituem desafios para que o acesso aos medicamentos com uso racional se concretize, enquanto atributo de cidadania.