Ticks are hematophagous arthropods with medical-veterinary importance, since they have capacity to transmit a great pathogens diversity to vertebrate animals, including humans. Each member of the host-vector-pathogen system is affected by the others, this combined effect can influence ticks genetic variation and these genetic differences among tick populations may have important implications regarding the ability of pathogens transmission to hosts. As the main ectoparasites that affect bovine and equine production in Brazil are, respectively, Rhipicephalus microplus and Dermacentor nitens, and also as little is known about the participation of these ticks in the enzootic and epidemic cycles of the bioagents they transmit, these species are the focus of this thesis. Genetic diversity in populations of these tick species and their infection by pathogens were analyzed, in specimens collected between 2011 and 2019, in vertebrate hosts and free in the environment, in areas of investigation focus, environmental surveillance and silent outbreaks of Spotted Fever (SF), from different biomes in Brazil. Low genetic diversity and no defined population structure for R. microplus and D. nitens were observed. Horse-ear-tick specimens were obtained naturally infected with Candidatus Rickettsia andeanae, Rickettsia rhipicephali, Rickettsia felis and Babesia caballi. On the other hand, the cattle-tick specimens were obtained naturally infected with Rickettsia rickettsii, Rickettsia parkeri, R. felis, Rickettsia tamurae, R. rhipicephali, Rickettsia bellii, Ehrlichia minasensis, Ehrlichia canis and Theileria equi, indicating their potential performance in the transmission of Ehrlichia and Theileria to animals in the country and suggesting R. microplus as a marker of Rickettsiae presence or circulation. The obtained results and the diversity of Rickettsiae species in ticks of animals close to humans contribute to the understanding of the enzootic cycle in SF focus areas in Brazil.Os carrapatos são artrópodes hematófagos de importância médico-veterinária, pois apresentam capacidade de transmitir grande diversidade de agentes patogênicos para animais vertebrados, incluindo o homem. Cada membro do sistema hospedeiro-vetor-patógeno é afetado pelos outros, este efeito combinado pode influenciar a variação genética em carrapatos e estas diferenças genéticas entre as populações de carrapatos podem ter implicações importantes no que diz respeito à capacidade de transmitir patógenos aos hospedeiros. Como os principais ectoparasitas que acometem a produção bovina e equina no Brasil são, respectivamente, Rhipicephalus microplus e Dermacentor nitens, e também como pouco se sabe sobre a participação destes carrapatos nos ciclos enzoótico e epidêmico dos bioagentes por eles veiculados, estas espécies são o foco principal desta tese. Foram analisadas a diversidade genética em populações destas espécies de carrapatos e a infecção por patógenos, em espécimes coletados entre 2011 a 2019, em hospedeiros vertebrados e livres no ambiente, de áreas de investigação de focos, vigilância ambiental e em focos silenciosos da Febre Maculosa (FM), de diferentes biomas do Brasil. Foi observada baixa diversidade genética e ausência de estruturação populacional definida para R. microplus e D. nitens. Espécimes do carrapato-da-orelha-do-cavalo foram obtidos naturalmente infectados com Candidatus Rickettsia andeanae, Rickettsia rhipicephali, Rickettsia felis e Babesia caballi. Já os espécimes do carrapato-do-boi foram obtidos naturalmente infectados com Rickettsia rickettsii, Rickettsia parkeri, R. felis, Rickettsia tamurae, R. rhipicephali, Rickettsia bellii, Ehrlichia minasensis, Ehrlichia canis e Theileria equi, indicando sua potencial atuação na transmissão de erliquia e theileria para animais no país e sugerindo R. microplus como marcador da presença ou circulação de riquétsias. Os resultados obtidos e a diversidade de espécies de riquétsias em carrapatos de animais próximos ao homem contribuem para o entendimento do ciclo enzoótico em áreas de foco de FM no Brasil.PROQUALI (UFJF)