Introduction: Sickle cell disease (SCD) is the most common monogenic hereditary disease in Brazil. The term SCD includes sickle cell anaemia and pathological conditions in which the S haemoglobin gene is associated with other hereditary hemoglobinopathies, as SC, S/beta0 and S/beta+ talassemia (S/b), SD Punjab, among others. Five different types of beta globin chain (βS) cluster haplotypes linked to HbS have been described: Asian, Senegalese, Benin, Bantu (CAR) and Cameroon. SCD can also coexist with alpha thalassemia (α-Tal). The most severe complication on SCD is stroke, which is responsible for 20% of mortality. The causes and factors that could increase the risk of stroke are not completely known. Many lines of research suggest that a genetic signature could influence the occurrence of stroke. Objective: Determine the frequency of SCD , identify the haplotypes and study the associations between these genetic determinants and stroke in children screened by the Minas Gerais’ State Program of Neonatal Screening and followed-up in Fundação Hemominas in Juiz de Fora. Methods: A retrospective cohort was established, in which were included children born between 1998 and 2007, with confirmed diagnosis of SCD. Children with sickle cell anaemia, SC, S/b0 and S/b+ were included. The clinical and laboratorial information were extracted from medical records until December 31st, 2013, allowing a follow-up of at least five years. The socioeconomic profile was obtained by applying the Anísio Teixeira National Institute of Studies and Educational Research questionnaire. The haplotype determination and presence of α-Tal was documented through the usage of polymerase chain reaction and restriction fragments length polymorphisms. The statistical analysis of such associations was performed by application of the chi-square test considering a level of significance of 5%, with SPSS Statistics® 14.0 program. The project was approved by Fundação Hemominas’s Reasearch Ethics Committee. Results: Between 1998 and 2007, 188,916 children were screened in Minas Gerais’ Zona da Mata e Vertentes region, 110 children with SCD fulfilled the inclusion 13 criteria and composed the population of this study. Among children with SCD, 60% were carriers of sickle cell anemia. The prevalence of coexistence with α-Tal was 30.3% and the Bantu (CAR) haplotype was identified in 89.2%. The incidence of stroke was significantly higher in children with sickle cell anemia (27.3% versus 2.3%; p = 0.001) and in the male gender (24.1% versus 9.6%; p = 0.044). Presence of α-Tal (p = 0.196), CAR haplotype (p = 0.543) and socioeconomic factors were not significantly associated with the occurrence of stroke. Conclusion: Children with sickle cell anemia have 12 times increased risk of having a stroke than patients with other types of SCD. The incidence of stroke in the male gender was higher. Coexistence with α-Tal and CAR haplotype were not significantly associated with stroke. Heterogeneity between previously assessed populations and non reproducibility among studies indicate the need to conduct further research to determine the role of these genetic factors in children with SCD.Introdução: A doença falciforme (DF) é a doença hereditária monogênica mais comum no Brasil.O termo DF inclui Anemia Falciforme (AF) e condições patológicas em que o gene da hemoglobina S está associado a outras hemoglobinopatias hereditárias, tais como SC, S/beta0 e S/beta+ talassemia (S/b), SD Punjab, entre outras. Há descrição de 5 haplótipos do cluster da cadeia globina (βS) ligados à HbS: Asiático, Senegal, Benin, Bantu (CAR) e Camarões. A DF pode ainda coexistir com as α-talassemias (α-Tal). A complicação mais severa na DF é o Acidente Vascular Encefálico (AVE), responsável por 20% da mortalidade. As causas e fatores que aumentariam o risco de AVE não são completamente conhecidos. Várias linhas de evidência sugerem que uma assinatura genética poderia influenciar o desenvolvimento de AVE. Objetivos: Determinar a frequência de DF, investigar a coexistência da α-Tal, identificar os haplótipos e estudar as associações entre estes determinantes genéticos com AVE em crianças triadas pelo Programa Estadual de Triagem Neonatal de Minas Gerais e acompanhadas na Hemominas de Juiz de Fora. Metodologia: Foi realizada uma coorte retrospectiva, na qual foram incluídas as crianças nascidas entre 1998 a 2007, com diagnóstico confirmado de DF. Foram considerados para inclusão no estudo, crianças com Anemia Falciforme (AF), SC, S/b0 e S/b+. As informações clínicas e laboratoriais foram extraídas dos prontuários médicos até 31 de dezembro de 2013 permitindo um acompanhamento de no mínimo cinco anos. O perfil socioeconômico foi obtido através da aplicação do questionário do Instituto Nacional de Estudos e Pesquisas Educacionais Anísio Teixeira. A determinação dos haplótipos e a presença da α-Tal foi realizada por reação em cadeia da polimerase e polimorfismo de tamanho dos fragmentos de restrição. A análise estatística das associações foi feita com aplicação do teste Qui-quadrado considerando-se um nível de significância de 5%, no programa SPSS Statistics® 14.0. O projeto foi aprovado pelo Comitê de Ética e Pesquisa da Fundação Hemominas. Resultados: Entre 1998 e 2007, foram 11 triadas 188.916 crianças nascidas na região da Zona da Mata Mineira e Vertentes, 110 crianças com DF preencheram os critérios de inclusão e constituíram a população deste estudo. Entre as crianças com DF, 60% eram portadoras de AF. A prevalência da coexistência com a α-Tal foi de 30,3% e o haplótipo Bantu (CAR) foi identificado em 89,2%. A incidência de AVE foi significativamente maior nas crianças com AF (27,3% versus 2,3%; p = 0,001) e no sexo masculino (24,1% versus 9,6%; p = 0,044). A presença da α-Tal (p = 0,196), do haplótipo CAR (p = 0,543) e fatores socioeconômicos não foram significantemente associadas à ocorrência de AVE. Conclusões: As crianças com AF tem 12 vezes mais risco de ter AVE do que as que têm outros tipos de DF. A incidência de AVE no sexo masculino foi maior. Coexistência de α-Tal ou haplótipos CAR não apresentaram associação significante com AVE. A heterogeneticidade entre as populações previamente avaliadas e a não reprodutibilidade entre estudos indicam a necessidade de realização de novas pesquisas para verificar o papel desses fatores genéticos em crianças com DF.