A organização da informação em bibliotecas digitais é o tema deste trabalho que pretende investigar os princÌpios teóricos e metodológicos utilizados pelas Universidades Estaduais Paulistas: Universidade de São Paulo (USP), Universidade Estadual Paulista (UNESP) e Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP) para a elaboração da estrutura de categorias de assunto das bibliotecas digitais de teses e dissertações mediante a análise da home page e interface de busca disponibilizada por essas instituições. A produção da literatura científica em teses e dissertações é fundamental para o desenvolvimento da ciência e quanto mais rápido e diversificado o desenvolvimento, maior será a necessidade de informações especÌficas e atualizadas. A organização do conteúdo em bibliotecas digitais de teses e dissertações é necessária, tendo em vista a ampliação crescente desse acervo e o caráter especializado de seus assuntos. Com a análise realizada nos sites das bibliotecas digitais, pode-se identificar as formas de acesso on-line desses documentos, bem como, o histórico, desenvolvimento e implantação onde observou-se que essas bibliotecas digitais seguem uma organização estruturada pelas grandes áreas do conhecimento ou pelos Programas de Pós-graduação de cada Instituição.