The purpose of this study was to evaluate the effect of the Native® microbiological fungicide, which contains the fungus Trichoderma harzianum and the bacterium Bacillus amyloliquefaciens and possible effects of cultural residues from crop rotation areas on the carpogenic germination of Sclerotinia sclerotiorum sclerotia. The activities were carried out in the Laboratory of Agricultural Microbiology and Phytopathology of the Federal University of Grande Dourados, Dourados, MS. An experiment was carried out with carpogenic germination of S. sclerotiorum sclerotia under a randomized block design, whose production system was characterized by: soybean and fallow, soybean and corn, soybean and corn with Brachiaria ruziziensis, soybean and white oats and corn and white oats. The agar-water treatment was established as a control, for each treatment there were six replicates. Half of the experiment was applied to the Native® product and the other half did not obtain Native® application. Sclerotinia sclerotiorum sclerodes exposed to the soil collected in soybean and white oat systems presented lower carpogenic germination, however, when the addition of Native® to germination occurred, it was equivalent to the other treatments. There was interaction between the Native® product and the soil effect of crop rotation systems on carpogenic germination and Sclerotinia sclerotiorum production of sclerotia.O presente trabalho teve por finalidade avaliar o efeito do fungicida microbiológico Native®, o qual contém o fungo Trichoderma harzianum e a bactéria Bacillus amyloliquefaciens e, possíveis efeitos dos resíduos culturais de áreas de rotação de culturas sobre a germinação carpogênica de escleródios de Sclerotinia sclerotiorum. As atividades foram realizadas no laboratório de Microbiologia Agrícola e Fitopatologia da Universidade Federal da Grande Dourados, Dourados, MS. Foi desenvolvido ensaio com germinação carpogênica de escleródios de S. sclerotiorum sob delineamento experimental de blocos casualizados (DBC), cujo sistema de produção caracterizou-se por: soja e pousio, soja e milho, soja e milho com Brachiaria ruziziensis, soja e aveia branca e, milho e aveia branca. O tratamento ágar-água, foi estabelecido como testemunha, para cada tratamento havia seis repetições. Metade do experimento foi submetido a aplicação do produto Native® e, a outra metade não obteve aplicação de Native®. Escleródios de Sclerotinia sclerotiorum exposto ao solo coletado de áreas no sistema soja e aveia branca apresentou menor germinação carpogênica, porém, quando ocorreu a adição de Native® a germinação foi equivalente aos demais tratamentos. Ocorreu interação entre o produto Native® e o efeito dos solos dos sistemas de rotação de culturas na germinação carpogênica e produção de apotécio de escleródios de Sclerotinia sclerotiorum.