Currently, tuberculosis control is dependent on several factors, such as rapid diagnosis, appropriate therapy and measures to prevent future transmission. Thus, the characterization of strains of Mycobacterium tuberculosis by molecular typing using RFLP-IS6110, provides a major contribution, and has been widely used in genotyping studies in order to trace transmission pathways. However, due to the complexities of the technique and data interpretation, other techniques have been proposed. Among them, the study of the variable number of repeat units (MIRU-VNTR) has been indicated as a new standard method. This study aimed to apply and compare the RFLP-IS6110 and 15 loci MIRU-VNTR techniques for the analysis of isolates from tuberculosis patients treated in Goiânia, Brazil, in order to establish possible molecular epidemiological links between cases of the disease, and also to compare the results found by both techniques against the wider situation in Brazil. The results showed that 15 loci MIRU-VNTR discriminated between the isolates better than the RFLP-IS6110. No epidemiological link was observed among the patients studied. The results validate the use of the 15 loci MIRU-VNTR technique for molecular typing of M. tuberculosis, as it showed greater discriminatory power with good efficiency to genetically characterize the isolates in Goiânia, Goiás. This can be used in epidemiological studies alone or in conjunction with other molecular techniques.Atualmente, o controle da tuberculose é dependente de vários fatores tais como rápido diagnóstico, terapia adequada e meios de evitar futuras transmissões. Assim, a caracterização de linhagens de Mycobacterium tuberculosis por tipagem molecular por meio da técnica de RFLP-IS6110 representa uma contribuição primordial e tem sido amplamente utilizada nos estudos de genotipagem para que sejam traçadas cadeias de transmissão. No entanto, por causa da complexidade desta técnica e da dificuldade de interpretação dos dados, outras técnicas têm sido propostas. Entre elas, destaca-se o estudo do número variável de unidades repetitivas (MIRU-VNTR) indicado como novo padrão de genotipagem. O presente estudo teve como objetivo analisar as técnicas de RFLP-IS6110 e 15 loci MIRU-VNTR em isolados de pacientes atendidos no município de Goiânia, Goiás. Para isso, foram caracterizados geneticamente os isolados a fim de se estabelecerem possíveis ligações epidemiológicas entre os casos da doença. Também fez-se a comparação entre os resultados encontrados pelas duas técnicas e o cenário do Brasil. Os dados demonstraram que a técnica de 15 loci MIRU-VNTR discriminou mais os isolados que a técnica de RFLP-IS6110. Não foi encontrada associação epidemiológica entre os pacientes estudados. Os resultados validaram o uso da técnica 15 loci MIRU-VNTR para tipagem molecular de M. tuberculosis por apresentar maior poder discriminatório, boa eficiência para caracterizar geneticamente os isolados em Goiânia-GO, podendo, portanto, ser um método usado em estudo epidemiológico isolado ou em conjunto com outras técnicas.