| dc.contributor | Silva-Mann, Renata | |
| dc.creator | Nunes, Valdinete Vieira | |
| dc.date | 2023-07-28T21:56:24Z | |
| dc.date | 2023-07-28T21:56:24Z | |
| dc.date | 2021-10-25 | |
| dc.date.accessioned | 2023-09-28T23:09:41Z | |
| dc.date.available | 2023-09-28T23:09:41Z | |
| dc.identifier | NUNES, Valdinete Vieira. Estudos genéticos-genômicos em Hancornia speciosa Gomes : árvore medicinal e frutífera nativa da América do Sul. 2021. 123 f. Tese (Doutorado em Agricultura e Biodiversidade) - Universidade Federal de Sergipe, São Cristóvão, SE, 2021. | |
| dc.identifier | https://ri.ufs.br/jspui/handle/riufs/17967 | |
| dc.identifier.uri | https://repositorioslatinoamericanos.uchile.cl/handle/2250/9085502 | |
| dc.description | Hancornia speciosa is a fruit and medicinal tree native to South America. In Brazil it makes up the list of priority plants for research development. In this context, the present study aimed to i) map state of the art through articles, patents, and molecular data of the species and list perspectives for further research; ii) evaluate the fruits, seeds, and seedlings phenotypic variability, and estimate the genetic diversity in the natural population of Sergipe, aiming at conservation and genetic improvement; and iii) adopt an integrated approach of species distribution models and population genomics based on single nucleotide polymorphism (SNP) to identify areas with environmental suitability, genomic diversity and natural H. speciosa populations genetic structure. The scientific and technological production and availability of molecular data prospected in public databases. In a natural population, the fruits, seeds, and seedlings phenotypic variables were measured, and the genetic diversity was estimated by inter simple sequence repeat markers. Based on occurrence records and bioclimatic variables using distribution models, areas of greatest suitability were identified, and six natural populations were sampled, which were genotyped by sequencing in genomic diversity and structure analysis. Based on the compiled and analyzed data, Brazil is the origin country of 310 publications and 29 patents that were produced mostly by researchers with public universities. The molecular data available in public banks are sequences for the specie are nucleotides and proteins from the chloroplastid genome. In the phenotypic characterization in the native population, the fruits, seeds, and seedlings have a variation to be explored. As for the population genetic parameters, the following were obtained: He = 0.40, I = 0.50, Na = 2.0, Ne = 1.71 and 55.29% similarity. The areas with the greatest suitability (0.75 to 1.00) are the Atlantic Forest (northeastern coast) and Cerrado (central Brazil). We identified 5,046 SNPs (4,691 neutrals and 355 outliers), which allowed us to infer that there is high diversity and excess of heterozygotes in all populations and 315 private alleles. Greater genetic variation occurs within populations and there is genetic differentiation between populations in the Northeast and Midwest. For the genetic structure (neutral SNPs), three groups were formed and the population of Coxim is the most divergent. The set of outliers SNPs reveals a genetic structure formed by three groups that are correlated with the biomes in which the populations are inserted. For two outliers SNPs it was possible to identify functional annotation. The compilation and scientific, technological, and molecular information analysis carried out in this work allowed us to identify the lines of developed research, the gaps in knowledge about the specie and contribute to directing new research. The population of Sergipe showed high genetic diversity and phenotypic variability with the potential to provide propagules for the enrichment of natural populations and forest restoration. The results obtained by the combination of distribution models and population genomics contributed to advancing knowledge about the specie and developing strategies aimed at management, conservation, and genetic improvement. | |
| dc.description | Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES | |
| dc.description | Hancornia speciosa é uma árvore frutífera e medicinal nativa da América do Sul, no Brasil compõe a lista de plantas prioritárias para o desenvolvimento de pesquisas. Nesse contexto, o presente estudo teve como objetivos: i) mapear o estado da arte por meio de artigos, patentes e dados moleculares da espécie e elencar perspectivas para novas pesquisas; ii) avaliar a variabilidade fenotípica de frutos, sementes e plântulas e estimar a diversidade genética em população natural de Sergipe, visando a conservação e melhoramento genético; e iii) adotar abordagem integrada de modelos de distribuição de espécie e genômica populacional baseada em polimorfismo de um único nucleotídeo (SNP), para identificar áreas com adequabilidade ambiental, a diversidade genômica e estrutura genética das populações naturais de H. speciosa. A produção científica, tecnológica e disponibilidade de dados moleculares foram prospectados em bancos públicos. Em uma população natural as variáveis fenotípicas de frutos, sementes e plântulas foram mensuradas e a diversidade genética estimada por marcadores moleculares de repetição de sequência inter-simpificada. Com base em registros de ocorrências e variáveis bioclimáticas usando modelos de distribuição foram identificadas áreas de maior adequabilidade e amostradas seis populações naturais, que foram genotipadas por sequenciamento para análise da diversidade e estrutura genômica. A partir dos dados compilados e analisados, o Brasil é o país de origem das 310 publicações e 29 patentes que foram produzidas, majoritariamente por pesquisadores afiliados a universidades públicas. Os dados moleculares disponíveis em bancos públicos para a espécie são sequências de nucleotídeos e proteínas do genoma cloroplastidial. Na caracterização fenotípica em população nativa os frutos, sementes e plântulas possuem variação a ser explorada. Quanto aos parâmetros genéticos populacionais, obteve-se: He = 0,40, I = 0,50, Na = 2,0, Ne = 1,71 e 55,29% de similaridade. As áreas com maior adequabilidade (0,75 a 1,00) estão na Mata Atlântica (litoral nordestino) e Cerrado (Brasil central). Foram identificados 5.046 SNPs (4.691 neutros e 355 outliers), os quais permitiram inferir que existe alta diversidade e excesso de heterozigotos em todas as populações e 315 alelos privados. Maior variação genética ocorre dentro das populações e existe diferenciação genética entre as populações do Nordeste e Centro-Oeste. Para a estrutura genética (SNPs neutros) foram formados três grupos e a população de Coxim é a mais divergente. O conjunto de SNPs outliers revela uma estruturação genética formada por três grupos que estão correlacionados com os biomas em que estão inseridas as populações. Para dois SNPs outliers foi possível identificar anotação funcional. A compilação e análise das informações científicas, tecnológicas e moleculares realizadas permitiram identificar as linhas de pesquisas desenvolvidas, as lacunas do conhecimento sobre a espécie e contribuem para direcionar novas pesquisas. A população de Sergipe apresentou alta diversidade genética e variabilidade fenotípica com potencial para fornecer propágulos para o enriquecimento de populações naturais e restauração florestal. Os resultados obtidos pela combinação do modelo de distribuição de espécies e genômica populacional contribuíram para avançar no conhecimento sobre a espécie e para o desenvolvimento de estratégias visando o manejo, conservação e melhoramento genético. | |
| dc.format | application/pdf | |
| dc.language | por | |
| dc.publisher | Pós-Graduação em Agricultura e Biodiversidade | |
| dc.publisher | Universidade Federal de Sergipe | |
| dc.subject | Mangaba | |
| dc.subject | Bibliometria | |
| dc.subject | Genômica | |
| dc.subject | Planta medicinal | |
| dc.subject | Bibliometrics | |
| dc.subject | Bioeconomy | |
| dc.subject | Population genomics | |
| dc.subject | Sequencing genotyping | |
| dc.subject | CIENCIAS AGRARIAS | |
| dc.title | Estudos genéticos-genômicos em Hancornia speciosa Gomes : árvore medicinal e frutífera nativa da América do Sul | |
| dc.type | Tese | |
