Dissertação apresentada à Universidade Federal de Lavras, como parte das exigências do Programa de Pós- Graduação em Ciência dos Alimentos, área de concentração em Microbiologia de Alimentos, para obtenção do título de Mestre.Microbiologia de AlimentosOs micro-organismos podem se desenvolver durante o processamento primário (colheita, quebra, fermentação, secagem e armazenamento) das amêndoas de cacau. Nas regiões tropicais os fungos do gênero Aspergillus são considerados importantes. Sua presença deve ser investigada por estar relacionada à diminuição da qualidade e, consequentemente, risco à saúde dos consumidores devido à possível produção de micotoxinas. Neste contexto, este estudo foi realizado com o objetivo de investigar a presença de espécies do gênero Aspergillus em amêndoas de cacau do estado de Rondônia; verificar o potencial toxigênico; estudar o efeito da origem geográfica sobre a incidência de espécies de fungos toxigênicos e não toxigênicos e analisar a incidência das espécies e sua relação com as práticas de fermentação, secagem e com o armazenamento. O isolamento dos fungos das amêndoas de cacau coletadas foi realizado por plaqueamento direto em meio DRBC. Aspergillus carbonarius foram avaliados para a quantificação de OTA pelo método de Cromatografia Líquida de Alta Eficiência (CLAE). Para estimar a probabilidade de ocorrência de espécies do gênero Aspergillus no estado de Rondônia foi utilizada a técnica de Regressão Logística. Um total de 185 fungos do gênero Aspergillus foram identificados pertencentes às Seções Nigri (A. niger, A. carbonarius, A. niger Agregado, A. foetidus, A. japonicus, A. tubingensis e A. aculeatus) e Flavi (A. flavus e A. oryzae). Dos A. carbonarius testados 79,41% produziram OTA em níveis que variaram de 0,08 a 44,09 μg/g e 3,13% dos A. niger apresentaram potencial para produzir OTA. Uma significativa porcentagem (83,33%) de A. flavus foi capaz de produzir AFs B1 e B2. A ocorrência de espécies de fungos totais do gênero Aspergillus se difere em função das coordenadas geográficas e temperatura apresentando maior probabilidade de ocorrência em amêndoas de cacau dos municípios localizados ao sul do estado de Rondônia e as probabilidades de ocorrência de fungos toxigênicos foram similares em todas as regiões estudadas sendo que as práticas de processamento primário exercem efeito sobre a incidência de fungos toxigênicos em amêndoas de cacau.Microorganisms can develop during primary processing (harvesting, breaking, fermentation, drying and storage) of cocoa beans. In tropical regions the fungi of the Aspergillus genus are considered important. Its presence should be investigated since it is related to the decrease in quality and, therefore, a health risk to consumers, due to the possible production of mycotoxins. In this context, this study was performed in order to investigate the presence of species of the Aspergillus genus in cocoa beans in the state of Rondônia, Brazil; verify the toxigenic potential; study the effect of geographical origin on the incidence of toxigenic and non- toxigenic fungi species; and analyze the incidence of the species and its relation with the practices of fermentation, drying and storage. Fungi isolation from the collected cocoa beans was performed by direct plating in DRBC medium. Aspergillus carbonarius were evaluated for the quantification of OTA by High Performance Liquid Chromatography (HPLC). To estimate the probability of occurring species of the Aspergillus genus in Rondonia, we used the logistic regression technique. A total of 185 fungi of the Aspergillus genus were identified belonging to Sections Nigri (A.niger, A. carbonarius, A. niger Aggregate, A. foetidus, A. japonicus, A. aculeatus and A. tubingensis) and Flavi (A. flavus and A. oryzae). Of the A. carbonarius tested, 79.41% produced OTA at levels ranging from 0.08 to 44.09 μg/g and 3.13% of the A. niger showed potential to produce OTA. A significant percentage (83.33%) of A. flavus was capable of producing AFs B1 and B2. The total occurrence of fungi species of the Aspergillus genus differs depending on the geographical coordinates and temperature showing higher probability of occurrence in cocoa beans from the municipalities located south of the state of Rondônia, and the probabilities of occurring toxigenic fungi were similar in all studied regions with the primary processing practices exerting effect on the incidence of toxigenic fungi in cocoa beans.