Aquatic plants communities, known as macrophytes, are diverse in floodplains and play the role of structuring agents in such habitats, providing availability of food resources, shelter and foraging habitat to several communities. Worldwilde, several studies have approached macrophytes and its structure effects on biodiversity, although, most of them do not take in account macrophytes distinct ecologic groups. We used Generalized Linear Mixed Models, to focus on free-floating macrophytes and its effects on pleustonic Ostracoda assemblages. We test two variables as predictors of Ostracoda richness and density. The first is free-floating macrophytes species, representing interspecific relationship, and root system volume, as a habitat structure measure. This study was carried in two lakes in Pandeiros floodplain, a São Francisco River tributaire. Total diversity registered is considerably high compared to tropical floodplains (31 species - which at least four species and also two genera are possibly new to science). Higher roots volume values supported higher richness, however, even amongst freefloating macrophytes there are differences be yond habitat structure provided. For density, macrophytes species effect was independent of habitat structure measure. P. stratiotes and Salvinia spp. were able to host high organism densities than E. crassipes, even though root volumes did not differ amongst them. Low E. crassipes density was found and a negative effect of this macrophyte on Ostracoda density is outstanding. Our results reveal the existence of important trophic links in an endangered and high priority ecorregion. We call attention to the undiscovered biodiversity inhabiting wetlands in Cerrado biome and suggest further studies at Pandeiros floodplain targeting ostracods and their specific requirements of resources and conditions provided by macrophytes.Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Minas Gerais (FAPEMIG)Comunidades de plantas aquáticas, conhecidas como macrófitas, são diversas em planícies de inundação e desempenham papel de agentes estruturadores em tais habitats, proporcionando recursos alimentares, abrigo e habitat para forrageamento para vários organismos. Muitos estudos pelo mundo abordaram macrófitas e seus efeitos de complexidade sobre a biodiversidade, entretando, a maioria deles não considera as diferenças intrínsecas das distintas formas de crescimento das plantas aquáticas. Nós usamos Modelos Lineares Generalizados Mistos, para focar em macrófitas livres flutuantes e seus efeitos nas assembleias dos ostrácodes pleustônicos. Nós testamos duas variaveis preditoras da riqueza e densidade de ostrácodes. A primeira é a espécie da macrófita livre flutuante, representando a relação interespecífica, e a segunda é o volume do sistema radicular, como uma medida da estrutura de habitat. Este estudo foi conduzido em duas lagoas da planície de inundação do Rio Pandeiros, um tributário do Rio São Francisco. A diversidade total encontrada é consideravelmente alta comparada a planícies tropicais (31 espécies – das quais pelo menos quatro espécies, e também dois gêneros, são possíveis novos registros para a ciência). Maiores valores de volume de raiz abrigaram maior riqueza, entretanto, mesmo entre as macrófitas livres flutuantes existem diferenças além da estrutura de habitat proporcionada. Para a densidade de organismos, a espécie da macrófita teve um efeito independente da estrutura de habitat. P. stratiotes e Salvinia spp. abrigaram maiores densidades de organismos que E. crassipes, mesmo não havendo diferença significativa entre os valores de volume das raízes entre as plantas. A baixa densidade de E. crassipes encontrada e o efeito negativo desta planta na densidade de ostrácodes é surpreendente. Nossos resultados revelam a existência de links tróficos em um ambiente ameaçado e situado numa ecorregião de alta prioridade de conservação. Nós chamamos atenção para biodiversidade desconhecida que habita as águas do bioma Cerrado e sugerimos futuros estudos na planície do Rio Pandeiros abordando ostrácodes e seus requerimentos específicos dos recursos e condições proporcionados pelas macrofitas.