Resumo: A cultura do milho (Zea mays L.) se destaca no Brasil classificando-o como terceiro produtor mundial deste cereal. No entanto, é uma cultura exigente quanto aos tratos culturais, principalmente no que diz respeito à adubação, que por vezes torna seu cultivo oneroso a despeito de sua alta produtividade. A classe dos adubos nitrogenados é composta por fertilizanes químicos cuja utilização gera implicações ambientais negativas. Também as doenças tem-se tornado um grande fator de risco para o agronegócio do milho e os fungos são os seus principais responsáveis. Eles colonizam o solo e a própria semente que, se contaminadas ou ingeridas, podem levar a intoxicações graves provocadas pelas micotoxinas produzidas por algumas espécies de fungos.Tradicionalmente o controle das doenças é feito por meio de defensivos agrícolas, que também podem agredir o meio ambiente e elevar os custos da produção. Na busca por alternativas sustentáveis e mais rentáveis, o presente estudo teve por objetivos: bioprospectar bactérias endofíticas radiculares que reúnam características para promoção de crescimento vegetal de ação direta e/ou indireta,bem como investigar a presença de espécies fitopatogênicas e micotóxicas de fungos associados a folhas de duas diferentes linhagens de milho. Seis isolados do gênero Bacillus e um deEnterobacter foram identificados por sequenciamento parcial do gene 16S rRNA. Deste total, dois demonstraram promover o crescimento vegetal (Enterobacter -LGMB184 e Bacillus - LGMB186) por meio de indicativos de fixação de nitrogênio, produção de sideróforos e aumento do volume radicular de plântulas. Já os isolados de Bacillus LGMB128 e LGMB163 inibiram fortemente os fungos F. verticillioides, C. zea-madys e C. graminicola, por ação antagônica direta. Estudos posteriores são necessários para avaliar o potencial biotecnológico destes isolados a campo, visando apresentar fontes alternativas para esta cultura. Constatou-se ainda, por filogenia molecular da região ITS1-5,8S-ITS2 e caracterização morfológica, fungos de espécies saprófitas, fitopatogêncicos e micotóxicos colonizando diferencialmente folhas dos dois genótipos de milho. Este levantamento demonstrou a necessidade de mais estudos da microflora associada a culturas de impacto econômico para entender a dinâmica dos riscos potenciais de manifestação de doenças associados ao saprofitismo.