Inflammation of the liver caused by hepatotropic viruses affect millions of people and represents a significant public health problem worldwide. There are interactions between hepatotropic viruses and the host immune system that can influence the pathogenesis of liver injury. The objective of this study was to investigate the frequency of autoantibodies in patients with hepatitis C virus, and its correlation with the genotypes found. We studied 51 patients diagnosed by PCR of infection with hepatitis C and a group of 100 blood donors with all serological tests for infectious diseases negative. The 51 patients with virus C had an average age of 43 years, + / - 11.3, in the pre-treatment, 34 (66.7%) were male and 17 (33.3%) were female. Of these 13 (25.5%) were ANA positive, 45 (88.2%) were with genotype 1 and 11.8% with genotype 3. Patients who presented with antibodies had no detectable levels of AST, ALT, AST / ALT, γ-GT and alkaline phosphatase significantly different from those with negative antibody titers. Thus, we conclude that the antibodies present in the study sample are independent of disease progression and patient prognosis, though seems to be linked with genotype 1.As inflamações do fígado provocadas pelos vírus hepatotrópicos atingem milhões de pessoas e representa significativo problema de saúde pública em todo o mundo. Existem interações entre viroses hepatotrópicas e o sistema imunológico do hospedeiro que podem influenciar na patogenicidade da agressão hepática. O objetivo deste trabalho foi investigar a freqüência de auto-anticorpos em pacientes portadores do vírus da hepatite C, e sua correlação com os genótipos encontrados. Foram estudados 51 pacientes com diagnóstico confirmado pelo PCR de infecção pelo vírus da hepatite C e um grupo de 100 doadores de sangue com todos os exames sorológico para doenças infecto-contagiosas negativos. Os 51 pacientes portadores do vírus C apresentavam idade média de 43 anos, +/- 11,3, em fase pré-tratamento, 34 (66,7%) eram do gênero masculino e 17 (33,3%) do gênero feminino. Desses 13 (25,5%) apresentaram FAN positivo, 45 (88,2%) eram genótipo tipo 1 e 11,8% genótipo tipo 3. Os pacientes que se apresentaram com anticorpos detectáveis não apresentavam níveis de AST, ALT, AST/ALT, γ-GT e fosfatase alcalina significativamente diferente daqueles com auto-anticorpos negativos. Desta forma, conclui-se que os anticorpos presentes na amostra do estudo são independentes da evolução da doença e do prognóstico do paciente, entretanto parece estar ligada ao genótipo tipo 1.