A obtenção de alimentos com padrões de inocuidade e qualidade microbiológica é essencial, uma vez que alimentos contaminados estão frequentemente envolvidos em casos de enfermidades de origem alimentar. Nesse contexto, destaca-se a importância da pesquisa de micro-organismos indicadores de higiene e também de patógenos nas diferentes etapas da linha de abate e processamento. A pesquisa de Salmonella spp. é fundamental na cadeia produtiva de frangos, pelo fato desse patógeno ser frequentemente associado a esse alimento e à grande maioria das gastroenterites. O objetivo do presente trabalho foi avaliar a qualidade microbiológica das carcaças e cortes de frango e do ambiente de abate em diferentes pontos das linhas de processamento de dois estabelecimentos industriais, através da pesquisa de micro- organismos indicadores de higiene e da pesquisa de Salmonella spp., bem como traçar as principais rotas de contaminação por esse patógeno através da identificação dos perfis genéticos dos isolados obtidos. Foram obtidas 277 amostras em dois matadouros de aves (Mt1-grande porte e Mt2-pequeno porte) localizados em Minas Gerais, Brasil, e consistiam de carcaças de frangos em três etapas distintas do abate (após depenagem- C1, após evisceração-C2, após pré-resfriamento-C3) e cortes finais (coxa, asa, peito) usando a metodologia de enxágue, e amostras de superfície (400cm2) de caixas de transportes de aves, esteiras de cortes, mãos de funcionários e facas. As amostras foram submetidas a análises laboratoriais para pesquisa de aeróbios mesófilos, enterobactérias, coliformes totais e Escherichia coli, e também à detecção de Salmonella spp. de acordo com a ISO 6975, e os isolados suspeitos foram confirmados por PCR pela identificação dos genes ompC e sifB. Ainda, todos os isolados confirmados como Salmonella spp. foram submetidos à macro-restrição por XbaI e eletroforese em gel de campo pulsado (PFGE). Para as caixas de transporte, as contagens médias obtidas para todos os indicadores de higiene e a frequência de amostras positivas para Salmonella spp. não apresentaram diferenças significativas (p < 0,05) entre os matadouros estudados. Observou-se também que não houve diferença significativa (p < 0,05) de contaminação entre as carcaças coletadas nas etapas C1 e C2 para nenhum dos indicadores estudados, nem para Salmonella spp. No entanto, constatou-se que as médias de contaminação bem como a frequência de amostras positivas para Salmonella spp. encontradas nas duas primeiras etapas no Mt1 foram significativamente (p < 0,05) maiores do que aquelas encontradas no Mt2, e ainda houve uma redução significativa dos níveis de contaminação de todos os indicadores de higiene e do patógeno entre as etapas C1-C2 e C3 em ambos os matadouros (p < 0,05). As médias de contaminação para os cortes amostrados foram significantemente maiores em Mt2 do que em Mt1 (p < 0,05), o mesmo ocorrendo para as superfícies amostradas; entretanto, para essas amostras não foram encontradas diferenças significativas (p < 0,05) em relação a frequências de amostras positivas para Salmonella spp. Os resultados obtidos demonstraram a maior contaminação nas etapas iniciais de abate, bem como o maior controle na etapa de pré- resfriamento. Os resultados da macro-restrição para os isolados obtidos de caixas de transporte permitem observar diferentes perfis genéticos, indicando uma contínua inclusão de novas cepas de Salmonella spp. no matadouro proveniente das granjas de produção das aves. Nas etapas de abate, observou-se que isolados obtidos em diferentes etapas e/ou em diferentes lotes apresentaram perfis genéticos idênticos, evidenciando a persistência desses isolados entre os animais obtidos de diferentes granjas. Além disso, demonstrou-se que isolados obtidos na etapa de recepção (caixas de transporte) apresentaram perfis genéticos idênticos a isolados obtidos na etapa de abate e cortes finais. Assim, foi possível identificar as principais etapas da linha de abate e processamento de frangos envolvidas na contaminação por micro-organismos indicadores, e também traçar as possíveis rotas de contaminação por Salmonella spp., o que pode ser útil na determinação de medidas de controle por esses estabelecimentos.Obtaining feedstuffs with high safety and high microbiological standards is essential since contaminated feedstuffs are commonly involved in cases of foodborne diseases. In this context, the importance of studies regarding hygiene indicator microorganisms is highlighted, as well as pathogens in different stages of the production chain. Research about Salmonella spp. is fundamental during slaughtering and processing of poultry due to the fact that these pathogens are often associated with feed and most cases of gastroenteritis. The aim of this study was to evaluate the microbiological quality of carcasses and cuts of chickens and the slaughtering environment at different points in the processing line at two industrial establishments through the study of hygiene indicator microorganisms and Salmonella spp., as well as to trace the main contamination routes by this pathogen through the identification of the gene profile from the isolates. 277 samples were obtained from two poultry slaughter houses (Mt1 - large size and Mt2 - small size) located in the Minas Gerais state, Brazil, and they consisted of poultry carcasses at three distinct slaughter steps (after de-feathering - C1, after evisceration - C2, after pre-cooling - C3) and final cuts (thigh, wing, breast) using the rinsing methodology; samples were also obtained from the surface (400 cm2) of the shipping boxes of chickens, cutting mats, hands of employees, and knives. The samples were subjected to laboratory analyses for the evaluation of mesophiles, enterobacteria, total coliforms, and Escherichia coli, as well as the detection of Salmonella spp. according to ISO 6975; the suspect isolates were confirmed by PCR through identification of genes ompC and sifB. Furthermore, all isolates that were confirmed as Salmonella spp. were subjected to macro-restriction by XbaI and pulsed-field gel electrophoresis (PFGE). For shipping boxes, the average counts that were obtained for all hygiene indicators and the frequency of positive samples for Salmonella spp. did not present with significant differences (P < 0.05) among the slaughterhouses that were studied. Also, there were no significant differences (P < 0.05) of contamination observed among carcasses that were collected in steps C1 and C2 for any indicator that was studied; the same result was observed for Salmonella spp. However, the average contamination as well as the frequency of positive samples for Salmonella spp. that was found in the two first steps for Sl1 were greater (P < 0.05) than those found for Sl2; also, there was a significant reduction in the contamination levels from all hygiene and pathogen indicators between steps C1-C2 and C3 for both slaughterhouses (P < 0.05). The average contamination for the sampled cuts was greater for Mt2 than Mt1 (P < 0.05), which was similarly observed for the sampled surfaces; although, for these samples, significant differences were not found (P < 0.05) in relation to the frequencies of positive samples for Salmonella spp. The results showed that there was greater contamination in the initial slaughter steps, such that greater control is necessary for the pre-cooling step. PFGE of the isolates that were obtained from the transport cages allowed us to observe different gene profiles, thereby indicating a continuous inclusion of new strains of Salmonella spp. in slaughterhouses from poultry production farms. In the slaughtering steps, the isolates that were obtained in different steps and/or different lots presented with identical PFGE profiles, which was evidence of the persistence of these isolates among animals obtained from different farms. Moreover, the isolates that were obtained in the reception step (shipping boxes) presented with identical PFGE profiles to those that were obtained in the slaughtering steps and end cuts. Therefore, it was possible to identify the main steps during slaughtering and processing of poultry that were involved in the contamination based on the indicator microorganisms and to trace the possible routes of contamination by Salmonella spp., which can be useful to determine control measures for these establishments.