Em áreas ciliares o alagamento nas planícies de inundação pode ocorrer em diferentes frequências e intensidades, dependendo das condições locais. Habitats às margens dos rios são mais propensos a inundações do que os mais elevados na paisagem. Este gradiente hídrico seleciona diferentes grupos de plantas de acordo com sua tolerância à inundação. No entanto, quando os rios são barrados por ações antrópicas pode ocorrer o alagamento de áreas até então nunca inundadas. As condições hídricas geradas afetarão as comunidades e determinadas espécies poderão ter sua distribuição comprometida, uma vez que suas sementes ou plantas jovens podem não suportar o alagamento. Consequentemente, pode haver perda de espécies e serviços ecossistêmicos em decorrência das novas condições impostas. Na recuperação dessas áreas ciliares há espécies indicadas para recuperar hábitats alagáveis (HA) e não-alagáveis (HA). Para testar a hipótese de que sementes e plântulas de espécies de HN não resistem a inundações prolongadas, escolhemos espécies de ambos hábitats e realizamos um experimento de inundação prolongada em sementes e plântulas por 90 dias. O alagamento afetou de forma distinta a germinação das sementes das diferentes espécies, havendo respostas semelhantes em ambos os grupos. A germinação sob alagamento foi acelerada, mas ocorreu em menor número. Ao contrário do esperado, duas espécies de HA não germinaram enquanto submersas. As plantas jovens também tiveram seu desenvolvimento comprometido pelo alagamento, diminuindo o crescimento em altura, o investimento em folhas e a taxa fotossintética. Plantas das espécies de HN foram mais prejudicadas e praticamente perderam suas raízes. A restauração ecológica de reservatórios e áreas submetidas ao alagamento temporário deve ser criteriosa e levar em conta as características das diferentes fases de vida das plantas a serem utilizadas.Habitats near river banks are more prone to flooding than the ones higher in the landscape. This gradient of water conditions between habitats select different groups of plants according to their tolerance to flooding. However, when rivers are barred by human actions, it can occur the waterlogging of areas never flooded before. The water conditions generated in these new margins affect plant communities. Certain species may have its spatial distribution compromised, since their seeds or young plants can not withstand flooding. Consequently, these communities could lose ecosystem services and biodiversity as a result of the saturated conditions. In the restoration of these ecosystems different species are indicated according to the flood susceptibility of the area, so being species for restoration of flooded (FH) and non-flooded habitats (NH). To test the hypothesis that seeds and seedlings of NH species do not withstand prolonged flooding, we submitted seeds and seedlings of eight species of both groups to 90 days of flooding. The induced flooding affect differently the germination of seeds of different species. Germination under flooding was accelerated, but in a small number. Contrary to expectations, two species of FH did not germinate while submerged. Young plants also have their development compromised by flooding, with lower growth, less investment in new leaves and lower photosynthetic rate. Plants of NH species were more affected and almost lost their roots. The ecological restoration of reservoirs and areas subject to temporary flooding needs to be cautiousness and take into account the characteristics of the different stages of plant life to be used.Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Minas Gerais