Os bioensaios constituem numa alternativa prática e eficiente para detecção de sementes de soja geneticamente modificada (GM), tolerante ao glifosato. Contudo, deve ser verificada sua utilização na identificação das sementes quando o lote é de soja GM, ou seja, quando sementes de soja convencional são a minoria. Objetivou-se com este trabalho ajustar a metodologia de dois bioensaios de detecção de sementes de soja GM e testar os melhores protocolos, um de cada bioensaio, na detecção e quantificação de misturas simuladas, contendo genótipos contrastantes quanto à tolerância ao herbicida. Nos bioensaios, foram testadas três umidades do substrato (2,0; 2,5 e 3,0 vezes o seu peso seco), cinco soluções do herbicida (0; 0,01; 0,03; 0,06 e 0,12 %) no método papel umedecido com glifosato e quatro soluções (0; 0,3; 0,6 e 1,2 %) no método pré - embebição de sementes. A umidade 3,0 e solução 0,03 % constituíram o protocolo mais eficiente para detecção no método do papel umedecido. A umidade 2,0 e solução 0,3 % se destacaram no método da pré-embebição das sementes. Foi mais prático e rápido detectar plântulas tolerantes do que plântulas sensíveis em ambos os testes. Em amostras com maior taxa de contaminação, foi mais fácil detectar e mais difícil quantificar misturas com exatidão. Os erros foram relativamente raros considerando os acertos.Bioassays constitute a practical and efficient alternative for detection of genetically modified soybean seeds (GM) tolerant to gliphosate. However, their use should be analyzed in the identification of seeds when the lot is of GM soybean, in other words, when seeds of conventional soybean are the minority. The objectives of this study were to adjust the methodology of two bioassays to detect GM soybean seeds and to test the best protocols, one of each bioassay, in the detection and quantification of simulated mixtures, containing contrasting genotypes for tolerance to the herbicide. In the bioassays, the following were tested: three moistures of the substratum paper (2.0; 2.5 and 3.0 times the dry weight), five solutions (0; 0.01; 0.03; 0.06 and 0.12%) in the method moistened paper with herbicide and four solutions (0; 0.3; 0.6 and 1.2 %) in the pre-soak seed method. The moisture 3.0 and solution 0.03 % constituted the most efficient protocol for detection in the moistened paper method. The moisture 2.0 and solution 0.3 % stood out in the pre-soak seed method. It was more practical and quicker to detect tolerant seedlings than sensitive seedlings in both tests. In samples with higher contamination rates, it was easier to detect and more difficult to precisely quantify the mixtures. The mistakes were relatively rare considering the successes.