As sementes fermentadas e secas do cacaueiro (Theobroma cacao L.) constituem a matéria-prima para a produção de chocolate, cuja cadeia produtiva envolve 60 bilhões de dólares anuais. A coleta, avaliação e conservação de germoplasma de cacau são muito importantes para os programas de melhoramento. Todavia, o nível e a distribuição da variação em populações silvestres são pouco conhecidos. Dessa forma, os objetivos do presente estudo foram: Avaliar a diversidade e o padrão de distribuição da mesma, entre e dentro de populações de cacau de diferentes bacias hidrográficas; avaliar a hipótese de diferenciação das populações por bacia e avaliar o potencial dos acessos clonais de cacau para o melhoramento. Para a avaliação foram coletados, durante quatro anos consecutivos, dados morfológicos de 145 acessos clonais provenientes de nove bacias hidrográficas: 1. Delta/estuário-PA, 2. Ji-Paraná- RO, 3. Solimões/Amazonas-PA, 4. Jamari-RO, 5. Clones alienígenas-TTO, 6. Clones alienígenas-PER, 7. Solimões/Amazonas-AM, 8. Acre-AC e 9. Clones melhorados-RO. Foram avaliadas 11 características, das quais nove relativas ao fruto, por planta: NTFC (Número total de frutos colhidos), NTFS (Número total de frutos sadios), MSUFS (Massa de sementes úmidas dos frutos sadios, em g), MMUSFS (Massa média de sementes úmidas por fruto sadio, em g), MSSFS (Massa de sementes secas dos frutos sadios, em g), MMSSFS (Massa média de sementes secas por frutos sadios, em g), PFVB (Percentagem de frutos com vassoura-de-bruxa), PFBR (Percentagem de frutos com broca), PFGE (Percentagem de frutos com sementes germinadas), NRVB (Número de ramos com vassoura-de-bruxa) e NAFVB (Número de almofadas florais com vassoura- de-bruxa). Os acessos pertencem ao Banco Ativo de Germoplasma da Estex- OP, localizado em Ouro Preto do Oeste-RO. Dados de oito das 11 características foram submetidos às análises de variância (ANAVAs) e ao cálculo distância de Mahalanobis (D2) entre as bacias. Com base nas ANAVAs, houve diferenças significativas (P<0,05) para todas as características e a maior variabilidade foi detectada dentro das populações de cacau. Sendo assim, recomenda-se que a coleta de materiais botânicos silvestres priorize maior número de plantas de poucas populações das bacias mais divergentes. Valores significativos (P<0,05) de D2 evidenciaram maior divergência entre as bacias Ji- Paraná-RO e Solimões/Amazonas-PA (27,7) e maior semelhança entre Ji- Paraná-RO e Jamari-RO (1,39), com relação as suas populações. A análise multivariada revelou também que a diferenciação dos acessos ocorreu de acordo com o sistema de bacias hidrográficas. Utilizando-se dados das 11 características foram processadas a correlação de Pearson e as análises de variância (ANAVAs). As maiores correlações significativas (P<0,05) foram observadas entre NTFC e NTFS (0,94), NTFS e MSUFS (0,86), NRVB e NAFVB (0,542) e entre NTFC e MSUFS (0,84). Com base nas ANAVAs, houve diferenças significativas (P<0,05) entre acessos para todas as características, o que amplia as possibilidades de ganho com a seleção.The fermented and dried seeds of the cacao tree (Theobroma cacao L.) are the raw material for the production of chocolate, whose production chain involves 60 billion annually. The collection, evaluation and cocoa germplasm conservation are very important for breeding programs. However, the level and distribution of variation in wild populations are unknown. Thus, the objectives of this study were to evaluate the diversity and distribution pattern of the same, between and within cacao populations in different river basins; assess the possibility of differentiation of populations by basin and assess the potential of clonal cocoa accessions to improvement. For the evaluation were collected for four consecutive years, morphological data of 145 clonal access from nine river basins: 1. Delta/estuário- PA, 2. Ji-Paraná-RO, 3. Solimões/Amazonas-PA, 4. Jamari-RO, 5. Clones alienígenas-TTO, 6. Clones alienígenas-PER, 7. Solimões/Amazonas-AM, 8. Acre-AC e 9. Clones melhorados-RO. We evaluated 11 characteristics, nine of which related to fruit, per plant: NTFC (Total number of fruits), NTFS (total number of healthy fruits), MSUFS (Mass wet seeds of healthy fruits, g), MMUSFS (Massa average wet seed for healthy fruit, g), MSSFS (Mass dry seeds of healthy fruits, g), MMSSFS (average mass of dry seeds for healthy fruits, g), PFVB (fruit Percentage of witches' -bruxa) PFBR (Percentage of fruit with drill), PFGE (Percentage of fruits with seeds germinated), NRVB (number of branches with witch's broom) and NAFVB (number of flower cushions with witch's broom). Accesses belong to the Active Germplasm Bank of Estex-OP, located in Ouro Preto do Oeste-RO. Data from eight of the 11 characteristics were submitted to analysis of variance (ANAVAs) and calculate Mahalanobis distance (D2) between the basins. Based on ANAVAs, there were significant differences (P <0.05) for all features and greater variability was detected within the cocoa populations. Therefore, it is recommended that the collection of wild botanical materials prioritizes greater number of plants of a few populations of the different basins. Significant values (P <0.05) D2 showed greater divergence between basins Ji- Paraná-RO and Solimões/Amazonas-PA (27.7) and greater similarity between Ji- Paraná-RO and Jamari-RO (1.39 ), regarding their populations. Multivariate analysis also revealed that the differentiation of access took place according to the system of watersheds. Using data from 11 characteristics were processed Pearson's correlation and analysis of variance (ANAVAs). The higher significant correlation (P <0.05) were observed between NTFC and NTFS (0.94), NTFS and MSUFS (0.86), and NRVB NAFVB (0.542) and between NTFC and MSUFS (0.84). Based on ANAVAs, there were significant differences (P <0.05) access to all features, which increases the gain of possibilities with the selection.Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior