A genome-wide association study identifies multiple loci for variation in human ear morphology

Un estudio de asociación de todo el genoma identifica múltiples loci para la variación en la morfología del oído humano

dc.contributora.ruizlin@ucl.ac.uk
dc.contributorLeverhulme Trust [F/07 134/DF]; BBSRC [BB/I021213/1]; Institute Strategic Programme grant; Universidad de Antioquia; British Heart Foundation Chair [RG008/08]; National Institute for Health Research University College London Hospitals Biomedical Research Centre; BHF Fellowship [FS/13/6/29977]; Biotechnology and Biological Sciences Research Council [BBS/E/D/20221657, BB/I021213/1, BB/J017183/1] Funding Source: researchfish; British Heart Foundation [FS/13/6/29977, RG/08/008/25291] Funding Source: researchfish; Medical Research Council [G0901388, MC_U142670371] Funding Source: researchfish; BBSRC [BB/J017183/1, BB/I021213/1, BBS/E/D/20221657] Funding Source: UKRI; MRC [MC_U142670371, G0901388] Funding Source: UKRI
dc.contributorSCHULER-FACCINI, LAVINIA https://orcid.org/0000-0002-2428-0460
dc.contributorBalding, David https://orcid.org/0000-0002-1480-6115
dc.contributorSCHULER-FACCINI, LAVINIA https://orcid.org/0000-0002-2428-0460
dc.contributorReales, Guillermo https://orcid.org/0000-0001-9993-3916
dc.contributorRuiz-Linares, Andres https://orcid.org/0000-0001-8372-1011
dc.contributorCalderon, Rosario https://orcid.org/0000-0001-9196-5323
dc.contributorArias, William https://orcid.org/0000-0002-2543-4855
dc.contributorHunemeier, Tabita https://orcid.org/0000-0002-3156-2079
dc.contributorSmith, Andrew https://orcid.org/0000-0003-1141-2978
dc.contributorGonzalez-Jose, Rolando https://orcid.org/0000-0002-8128-9381
dc.contributorHumphries, Stephen E https://orcid.org/0000-0002-8221-6547
dc.contributorGallo, Carla https://orcid.org/0000-0001-8348-0473
dc.contributorBarquera, Rodrigo https://orcid.org/0000-0003-0518-4518
dc.contributorRosique-Gracia, Javier https://orcid.org/0000-0003-2686-8820
dc.contributorBhutta, Mahmood https://orcid.org/0000-0002-4688-1670
dc.creatorAdhikari, Kaustubh
dc.creatorReales, Guillermo
dc.creatorSmith, Andrew J. P.
dc.creatorKonka, Esra
dc.creatorPalmen, Jutta
dc.creatorQuinto-Sanchez, Mirsha
dc.creatorAcuna-Alonzo, Victor
dc.creatorJaramillo, Claudia
dc.creatorArias, William
dc.creatorFuentes, Macarena
dc.creatorPizarro, Maria
dc.creatorBarquera Lozano, Rodrigo
dc.creatorMacin Perez, Gaston
dc.creatorGomez-Valdes, Jorge
dc.creatorVillamil-Ramirez, Hugo
dc.creatorHunemeier, Tabita
dc.creatorRamallo, Virginia
dc.creatorSilva de Cerqueira, Caio C.
dc.creatorHurtado, Malena
dc.creatorVillegas, Valeria
dc.creatorGranja, Vanessa
dc.creatorGallo, Carla
dc.creatorPoletti, Giovanni
dc.creatorSchuler-Faccini, Lavinia
dc.creatorSalzano, Francisco M.
dc.creatorBortolini, Maria-Catira
dc.creatorCanizales-Quinteros, Samuel
dc.creatorRothhammer, Francisco
dc.creatorBedoya, Gabriel
dc.creatorCalderon, Rosario
dc.creatorRosique, Javier
dc.creatorCheeseman, Michael
dc.creatorBhutta, Mahmood F.
dc.creatorHumphries, Steve E.
dc.creatorGonzalez-Jose, Rolando
dc.creatorHeadon, Denis
dc.creatorBalding, David
dc.creatorRuiz-Linares, Andres
dc.date2023-04-18T01:55:28Z
dc.date2023-04-18T01:55:28Z
dc.date2015
dc.date.accessioned2023-09-27T20:21:01Z
dc.date.available2023-09-27T20:21:01Z
dc.identifier2041-1723
dc.identifierhttps://repositorio.uta.cl/xmlui/handle/20.500.14396/2789
dc.identifier10.1038/ncomms8500
dc.identifierCL7UY
dc.identifier26105758
dc.identifierWOS:000357178500001
dc.identifier.urihttps://repositorioslatinoamericanos.uchile.cl/handle/2250/8943819
dc.descriptionHere we report a genome-wide association study for non-pathological pinna morphology in over 5,000 Latin Americans. We find genome-wide significant association at seven genomic regions affecting: lobe size and attachment, folding of antihelix, helix rolling, ear protrusion and antitragus size (linear regression P values 2 x 10(-8) to 3 x 10(-14)). Four traits are associated with a functional variant in the Ectodysplasin A receptor (EDAR) gene, a key regulator of embryonic skin appendage development. We confirm expression of Edar in the developing mouse ear and that Edar-deficient mice have an abnormally shaped pinna. Two traits are associated with SNPs in a region overlapping the T-Box Protein 15 (TBX15) gene, a major determinant of mouse skeletal development. Strongest association in this region is observed for SNP rs17023457 located in an evolutionarily conserved binding site for the transcription factor Cartilage paired-class homeoprotein 1 (CART1), and we confirm that rs17023457 alters in vitro binding of CART1.
dc.descriptionAquí informamos un estudio de asociación de todo el genoma para la morfología del pabellón auricular no patológico en más de 5000 latinoamericanos. Encontramos una asociación significativa en todo el genoma en siete regiones genómicas que afectan: el tamaño y la unión del lóbulo, el plegamiento del antihélix, el giro del hélix, la protrusión de la oreja y el tamaño del antitrago (valores P de regresión lineal de 2 x 10 (-8) a 3 x 10 (-14) ). Cuatro rasgos están asociados con una variante funcional en el gen del receptor de ectodisplasina A (EDAR), un regulador clave del desarrollo del apéndice de la piel embrionaria. Confirmamos la expresión de Edar en la oreja del ratón en desarrollo y que los ratones deficientes en Edar tienen un pabellón auricular de forma anormal. Dos rasgos están asociados con los SNP en una región que se superpone al gen T-Box Protein 15 (TBX15), un determinante importante del desarrollo esquelético del ratón. La asociación más fuerte en esta región se observa para SNP rs17023457 ubicado en un sitio de unión conservado evolutivamente para el factor de transcripción Homeoproteína 1 de clase emparejada de cartílago (CART1), y confirmamos que rs17023457 altera la unión in vitro de CART1.
dc.formatapplication/pdf
dc.format10 páginas
dc.languageEnglish
dc.publisherNATURE PUBLISHING GROUP
dc.relationNature Communications, vol.6 (2015)
dc.relationhttps://doi.org/10.1038/ncomms8500
dc.rightsGreen Published, gold, Green Accepted
dc.rightsAcceso abierto
dc.sourceNature Communications
dc.subjectEdar
dc.subjectHair
dc.subjectMutations
dc.subjectModel
dc.subjectVisualization
dc.subjectHeritability
dc.subjectDownstream
dc.subjectDiversity
dc.subjectMicrotia
dc.subjectVariant
dc.subjectEdar
dc.subjectCabello
dc.subjectMutaciones
dc.subjectModelo
dc.subjectVisualización
dc.subjectHeredabilidad
dc.subjectCorriente Descendente
dc.subjectDiversidad
dc.subjectMicrotia
dc.subjectVariante
dc.titleA genome-wide association study identifies multiple loci for variation in human ear morphology
dc.titleUn estudio de asociación de todo el genoma identifica múltiples loci para la variación en la morfología del oído humano
dc.typeArtículo de revista


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