Identification of Circulating lncRNAs Associated with Gallbladder Cancer Risk by Tissue-Based Preselection, Cis-eQTL Validation, and Analysis of Association with Genotype-Based Expression

Identificación de lncRNA circulantes asociados con el riesgo de cáncer de vesícula biliar mediante preselección basada en tejidos, validación de Cis-eQTL y análisis de asociación con la expresión basada en genotipos

dc.contributorblandino@imbi.uni-heidelberg.de; scherer@imbi.uni-heidelberg.de; trro@kreftregisteret.no; sium@kreftregisteret.no; boekstegers@imbi.uni-heidelberg.de; barahona@imbi.uni-heidelberg.de; kmarcelain@uchile.cl; garate@imbi.uni-heidelberg.de; waldenberger@helmholtz-muenchen.de; emoralesm@hospitaldetalca.cl; arojasr@ucm.cl; cmunozc@hospitaldetalca.cl; jretamales@gocchi.org; gonzalo.detoro@uach.cl; olbeba@gmail.com; memerivera@yahoo.es; acortes@hsalvador.cl; denisseloader@gmail.com; javierasaavedranazer@gmail.com; lorenagutierrezc@yahoo.es; alejandro.ortega@hjnc.cl; enriqueta.bertran@redsalud.gov.cl; gablerf@gmail.com; moni.campos.m@gmail.com; jalvari@gmail.com; fabriziomoisan@udec.cl; loretospencer@gmail.com; bnervi@gmail.com; dcarvajal@alemana.cl; hector.losada@ufrontera.cl; mauricio.almau@gmail.com; pliniofernandezbruno@gmail.com; gallegos@hcuch.cl; jordiolloquequi@ub.edu; mafuentesg@academicos.uta.cl; rolando@cenpat-conicet.gob.ar; maria.bortolini@ufrgs.br; carla.gallo@upch.pe; a.ruizlin@ucl.ac.uk; franciscorothhammer@gmail.com; lorenzo@imbi.uni.heidelberg.de
dc.contributorEuropean Union's Horizon 2020 research and innovation program [825741]; German Academic Exchange Service (DAAD) [91778799]; Deutsche Forschungsgemeinschaft [LO 1928/11-1, 424112940]; Biobank of the University of Chile (BTUCH)
dc.contributorNervi, Bruno https://orcid.org/0000-0002-3016-7261
dc.contributorOlloquequi, Jordi https://orcid.org/0000-0002-6492-2739
dc.contributorBoekstegers, Felix https://orcid.org/0000-0002-0587-7624
dc.contributorRojas, Armando https://orcid.org/0000-0001-9911-7142
dc.contributorLOSADA, HECTOR https://orcid.org/0000-0002-8684-9675
dc.contributorGallo, Carla https://orcid.org/0000-0001-8348-0473
dc.contributorUmu, Sinan U. https://orcid.org/0000-0001-8081-7819
dc.contributorBarahona Ponce, Carol https://orcid.org/0000-0001-9505-4965
dc.contributorLorenzo Bermejo, Justo https://orcid.org/0000-0002-6568-5333
dc.contributorGonzalez-Jose, Rolando https://orcid.org/0000-0002-8128-9381
dc.contributorde toro, Gonzalo https://orcid.org/0000-0003-1022-2865
dc.contributorRetamales, Javier https://orcid.org/0000-0001-7051-0362
dc.creatorBlandino, Alice
dc.creatorScherer, Dominique
dc.creatorRounge, Trine B.
dc.creatorUmu, Sinan U.
dc.creatorBoekstegers, Felix
dc.creatorBarahona Ponce, Carol
dc.creatorMarcelain, Katherine
dc.creatorGarate-Calderon, Valentina
dc.creatorWaldenberger, Melanie
dc.creatorMorales, Erik
dc.creatorRojas, Armando
dc.creatorMunoz, Cesar
dc.creatorRetamales, Javier
dc.creatorde Toro, Gonzalo
dc.creatorBarajas, Olga
dc.creatorRivera, Maria Teresa
dc.creatorCortes, Analia
dc.creatorLoader, Denisse
dc.creatorSaavedra, Javiera
dc.creatorGutierrez, Lorena
dc.creatorOrtega, Alejandro
dc.creatorBertran, Maria Enriqueta
dc.creatorGabler, Fernando
dc.creatorCampos, Monica
dc.creatorAlvarado, Juan
dc.creatorMoisan, Fabrizio
dc.creatorSpencer, Loreto
dc.creatorNervi, Bruno
dc.creatorCarvajal-Hausdorf, Daniel E.
dc.creatorLosada, Hector
dc.creatorAlmau, Mauricio
dc.creatorFernandez, Plinio
dc.creatorGallegos, Ivan
dc.creatorOlloquequi, Jordi
dc.creatorFuentes-Guajardo, Macarena
dc.creatorGonzalez-Jose, Rolando
dc.creatorBortolini, Maria Catira
dc.creatorGallo, Carla
dc.creatorLinares, Andres Ruiz
dc.creatorRothhammer, Francisco
dc.creatorLorenzo Bermejo, Justo
dc.date2023-04-18T01:55:33Z
dc.date2023-04-18T01:55:33Z
dc.date2022
dc.date.accessioned2023-09-27T20:19:56Z
dc.date.available2023-09-27T20:19:56Z
dc.identifierhttps://repositorio.uta.cl/xmlui/handle/20.500.14396/2801
dc.identifier2072-6694
dc.identifier10.3390/cancers14030634
dc.identifierYY5TP
dc.identifier35158906
dc.identifierWOS:000754851800001
dc.identifier.urihttps://repositorioslatinoamericanos.uchile.cl/handle/2250/8943307
dc.descriptionSimple Summary Gallbladder cancer (GBC) is an aggressive disease with poor prognosis that urgently needs risk biomarkers for prevention. Long noncoding RNAs (lncRNAs) have been linked to various types of cancer and have good potential as circulating biomarkers. Prediction of lncRNA expression based on genotype data may contribute to quantify individual GBC risk even without direct lncRNA expression measurement. In this study, we investigate the relationship between GBC risk and genotype-based expression of circulating lncRNAs. Long noncoding RNAs (lncRNAs) play key roles in cell processes and are good candidates for cancer risk prediction. Few studies have investigated the association between individual genotypes and lncRNA expression. Here we integrate three separate datasets with information on lncRNA expression only, both lncRNA expression and genotype, and genotype information only to identify circulating lncRNAs associated with the risk of gallbladder cancer (GBC) using robust linear and logistic regression techniques. In the first dataset, we preselect lncRNAs based on expression changes along the sequence gallstones -> dysplasia -> GBC. In the second dataset, we validate associations between genetic variants and serum expression levels of the preselected lncRNAs (cis-lncRNA-eQTLs) and build lncRNA expression prediction models. In the third dataset, we predict serum lncRNA expression based on individual genotypes and assess the association between genotype-based expression and GBC risk. AC084082.3 and LINC00662 showed increasing expression levels (p-value = 0.009), while C22orf34 expression decreased in the sequence from gallstones to GBC (p-value = 0.04). We identified and validated two cis-LINC00662-eQTLs (r(2) = 0.26) and three cis-C22orf34-eQTLs (r(2) = 0.24). Only LINC00662 showed a genotyped-based serum expression associated with GBC risk (OR = 1.25 per log2 expression unit, 95% CI 1.04-1.52, p-value = 0.02). Our results suggest that preselection of lncRNAs based on tissue samples and exploitation of cis-lncRNA-eQTLs may facilitate the identification of circulating noncoding RNAs linked to cancer risk.
dc.descriptionResumen simple El cáncer de vesícula biliar (GBC) es una enfermedad agresiva con mal pronóstico que necesita urgentemente biomarcadores de riesgo para su prevención. Los ARN no codificantes largos (lncRNA) se han relacionado con varios tipos de cáncer y tienen un buen potencial como biomarcadores circulantes. La predicción de la expresión de lncRNA basada en datos de genotipo puede contribuir a cuantificar el riesgo de GBC individual incluso sin la medición directa de la expresión de lncRNA. En este estudio, investigamos la relación entre el riesgo de GBC y la expresión basada en el genotipo de los lncRNA circulantes. Los ARN largos no codificantes (lncRNA) desempeñan un papel clave en los procesos celulares y son buenos candidatos para la predicción del riesgo de cáncer. Pocos estudios han investigado la asociación entre genotipos individuales y la expresión de lncRNA. Aquí integramos tres conjuntos de datos separados con información sobre la expresión de lncRNA únicamente, tanto la expresión de lncRNA como el genotipo, y la información del genotipo solo para identificar los lncRNA circulantes asociados con el riesgo de cáncer de vesícula biliar (GBC) utilizando técnicas sólidas de regresión lineal y logística. En el primer conjunto de datos, preseleccionamos lncRNA en función de los cambios de expresión a lo largo de la secuencia cálculos biliares -> displasia -> GBC. En el segundo conjunto de datos, validamos las asociaciones entre las variantes genéticas y los niveles de expresión sérica de los lncRNA preseleccionados (cis-lncRNA-eQTL) y construimos modelos de predicción de expresión de lncRNA. En el tercer conjunto de datos, predecimos la expresión de lncRNA en suero en función de los genotipos individuales y evaluamos la asociación entre la expresión basada en el genotipo y el riesgo de GBC. AC084082.3 y LINC00662 mostraron niveles de expresión crecientes (valor p = 0,009), mientras que la expresión de C22orf34 disminuyó en la secuencia desde cálculos biliares hasta GBC (valor p = 0,04). Identificamos y validamos dos cis-LINC00662-eQTL (r(2) = 0,26) y tres cis-C22orf34-eQTL (r(2) = 0,24). Solo LINC00662 mostró una expresión sérica basada en el genotipo asociada con el riesgo de GBC (OR = 1,25 por unidad de expresión log2, IC del 95 %: 1,04-1,52, valor de p = 0,02). Nuestros resultados sugieren que la preselección de lncRNA basada en muestras de tejido y la explotación de cis-lncRNA-eQTL pueden facilitar la identificación de los RNA no codificantes circulantes relacionados con el riesgo de cáncer.
dc.formatapplication/pdf
dc.format15 páginas
dc.languageEnglish
dc.publisherMDPI
dc.relationCancers, vol.14 no.3 (2022)
dc.relationhttps://doi.org/10.3390/cancers14030634
dc.rightsGreen Published, gold
dc.rightsAcceso abierto
dc.sourceCancers
dc.subjectGallbladder Cancer
dc.subjectLncrnas
dc.subjectEqtls
dc.subjectGenetic Association Study
dc.subjectMolecular Phenotypes
dc.subjectLong Noncoding Rnas
dc.subjectSurvival
dc.subjectGencode
dc.subjectRoles
dc.subjectCáncer de Vesícula Biliar
dc.subjectLncrnas
dc.subjectEqtls
dc.subjectEstudio de Asociación Genética
dc.subjectFenotipos Moleculares
dc.subjectRnas Largas No Codificantes
dc.subjectSupervivencia
dc.subjectGencode
dc.subjectFunciones
dc.titleIdentification of Circulating lncRNAs Associated with Gallbladder Cancer Risk by Tissue-Based Preselection, Cis-eQTL Validation, and Analysis of Association with Genotype-Based Expression
dc.titleIdentificación de lncRNA circulantes asociados con el riesgo de cáncer de vesícula biliar mediante preselección basada en tejidos, validación de Cis-eQTL y análisis de asociación con la expresión basada en genotipos
dc.typeArtículo de revista


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