ONT-Based Draft Genome Assembly and Annotation of Alternaria atra

Proyecto de ensamblaje del genoma basado en ONT y anotación de Alternaria atra

dc.contributorstam@wzw.tum.de
dc.contributorBMBF within the German Network for Bioinformatics Infrastructure (de.NBI) [031A537B, 031A533A, 031A538A, 031A533B, 031A535A, 031A537C, 031A534A, 031A532B]
dc.contributorChavera, German Sepulveda https://orcid.org/0000-0002-5610-0970
dc.contributorStam, Remco https://orcid.org/0000-0002-3444-6954
dc.creatorBonthala, Bhawna
dc.creatorSmall, Corinn S.
dc.creatorLutz, Maximilian A.
dc.creatorGraf, Alexander
dc.creatorKrebs, Stefan
dc.creatorSepulveda, German
dc.creatorStam, Remco
dc.date2023-04-18T01:49:04Z
dc.date2023-04-18T01:49:04Z
dc.date2021
dc.date.accessioned2023-09-27T20:19:50Z
dc.date.available2023-09-27T20:19:50Z
dc.identifier0894-0282
dc.identifierhttps://repositorio.uta.cl/xmlui/handle/20.500.14396/2370
dc.identifier1943-7706
dc.identifier10.1094/MPMI-01-21-0016-A
dc.identifierWM1CQ
dc.identifier33779266
dc.identifierWOS:000710831400022
dc.identifier.urihttps://repositorioslatinoamericanos.uchile.cl/handle/2250/8943282
dc.descriptionSpecies of Alternaria (phylum Ascomycota, family Pleosporaceae) are known as serious plant pathogens, causing major losses on a wide range of crops. Alternaria atra (previously known as Ulocladium atrum) can grow as a saprophyte on many hosts and causes Ulocladium blight on potato. It has been reported that it can also be used as a biocontrol agent against Botrytis cinerea. Here, we present a scaffold-level reference genome assembly for A. atra. The assembly contains 43 scaffolds with a total length of 39.62 Mbp, with scaffold N-50 of 3,893,166 bp, L-50 of 4, and the longest 10 scaffolds containing 89.9% of the assembled data. RNA-sequencing-guided gene prediction using BRAKER resulted in 12,173 protein-coding genes with their functional annotation. This first highquality reference genome assembly and annotation for A. atra can be used as a resource for studying evolution in the highly complicated Alternaria genus and might help in understanding the mechanisms defining its role as pathogen or biocontrol agent.
dc.descriptionLas especies de Alternaria (phylum Ascomycota, familia Pleosporaceae) son conocidas como patógenos de plantas graves, que causan grandes pérdidas en una amplia gama de cultivos. Alternaria atra (anteriormente conocida como Ulocladium atrum) puede crecer como saprófito en muchos huéspedes y causa el tizón de Ulocladium en la papa. Se ha informado que también se puede utilizar como agente de control biológico contra Botrytis cinerea. Aquí, presentamos un ensamblaje del genoma de referencia a nivel de andamio para A. atra. El conjunto contiene 43 andamios con una longitud total de 39,62 Mbp, con el andamio N-50 de 3 893 166 pb, el L-50 de 4 y los 10 andamios más largos que contienen el 89,9% de los datos ensamblados. La predicción de genes guiada por secuenciación de ARN utilizando BRAKER dio como resultado 12 173 genes codificadores de proteínas con su anotación funcional. Este primer ensamblaje y anotación del genoma de referencia de alta calidad para A. atra se puede utilizar como un recurso para estudiar la evolución en el género Alternaria altamente complicado y podría ayudar a comprender los mecanismos que definen su papel como patógeno o agente de control biológico.
dc.formatapplication/pdf
dc.format4 páginas
dc.languageEnglish
dc.publisherAMER PHYTOPATHOLOGICAL SOC
dc.relationMolecular Plant-Microbe Interactions, vol.34 no.7 (2021) p. 870 - 873
dc.relationhttps://doi.org/10.1094/MPMI-01-21-0016-A
dc.rightsgold
dc.rightsAcceso abierto
dc.sourceMolecular Plant-Microbe Interactions
dc.subjectUlocladium-Atrum
dc.subjectBotrytis-Cinerea
dc.subjectSignalp
dc.subjectUlocladium-Atrum
dc.subjectBotrytis-Cinerea
dc.subjectSignalp
dc.titleONT-Based Draft Genome Assembly and Annotation of Alternaria atra
dc.titleProyecto de ensamblaje del genoma basado en ONT y anotación de Alternaria atra
dc.typeArtículo de revista


Este ítem pertenece a la siguiente institución