Development of new microsatelite loci for Geoffroea decorticans (Gillies ex Hook. & Arn.) Burkart

Desarrollo de nuevos loci de microsatélites para Geoffroea decorticans (Gillies ex Hook. & Arn.) Burkart

dc.contributorroberto.contreras@uda.cl
dc.contributorContreras Díaz, Roberto https://orcid.org/0000-0002-5607-811X
dc.creatorContreras, Roberto
dc.creatorCarevic, Felipe
dc.creatorArias Aburto, Mariana
dc.creatorHuanca-Mamani, Wilson
dc.creatorDiaz-Martin, Bladimir
dc.date2023-04-18T01:49:41Z
dc.date2023-04-18T01:49:41Z
dc.date2021
dc.date.accessioned2023-09-27T20:19:08Z
dc.date.available2023-09-27T20:19:08Z
dc.identifier1851-2372
dc.identifierhttps://repositorio.uta.cl/xmlui/handle/20.500.14396/2398
dc.identifier10.31055/1851.2372.v56.n4.32721
dc.identifier3L3MO
dc.identifierWOS:000834668500008
dc.identifier.urihttps://repositorioslatinoamericanos.uchile.cl/handle/2250/8942991
dc.descriptionBackground and aims: One of the few tree species adapted to the ecologically limiting conditions of the Atacama Desert is Geoffroea decorticans, known as chanar. It is a valuable multipurpose resource used as a food and medicinal product. However, for the purpose of genetic studies, codominant DNA markers specific for this species have not yet been developed. The objective of this work is to develop and validate microsatellite markers (SSR) for G. decorticans, in order to perform future studies of genetic diversity and genetic structure of populations. M&M: SSR markers were searched in the G. decorticans genome using the NextGeneration Sequencing (NGS) method, and they were validated through thirty individuals distributed in different localities in northern Chile. Results: A total of similar to 144,117 microsatellite loci were identified and a set of 41 primer pairs was used for validation. The amplified fragments ranged from 106 bp to 225 bp, the number of alleles ranged from 2 to 9, and the PIC value of the 41 SSR loci ranged between 0.32 and 0.86, with an average of 0.64. Conclusions: For the first time, putative neutral SSR markers specific to the G. decorticans species have been developed in order to promote genetic studies for the conservation of the species. The present study provides a set of 38 new polymorphic SSR markers, which could serve as an effective tool to estimate genetic diversity, genetic structure and to be used in breeding programs.
dc.descriptionAntecedentes y objetivos: Una de las pocas especies arbóreas adaptadas a las condiciones ecológicamente limitantes del Desierto de Atacama es Geoffroea decorticans, conocida como chañar. Es un valioso recurso polivalente utilizado como alimento y producto medicinal. Sin embargo, para fines de estudios genéticos, aún no se han desarrollado marcadores codominantes de ADN específicos para esta especie. El objetivo de este trabajo es desarrollar y validar marcadores microsatélites (SSR) para G. decorticans, con el fin de realizar futuros estudios de diversidad genética y estructura genética de poblaciones. M&M: Se buscaron marcadores SSR en el genoma de G. decorticans mediante el método NextGeneration Sequencing (NGS), y se validaron a través de treinta individuos distribuidos en diferentes localidades del norte de Chile. Resultados: Se identificó un total similar a 144.117 loci de microsatélites y se utilizó un conjunto de 41 pares de cebadores para la validación. Los fragmentos amplificados oscilaron entre 106 pb y 225 pb, el número de alelos osciló entre 2 y 9 y el valor de PIC de los 41 loci SSR osciló entre 0,32 y 0,86, con una media de 0,64. Conclusiones: Por primera vez, se han desarrollado marcadores de SSR putativos neutrales específicos para la especie G. decorticans con el fin de promover estudios genéticos para la conservación de la especie. El presente estudio proporciona un conjunto de 38 nuevos marcadores SSR polimórficos, que podrían servir como una herramienta eficaz para estimar la diversidad genética, la estructura genética y para ser utilizados en programas de mejoramiento.
dc.formatapplication/pdf
dc.format13 páginas
dc.languageEnglish
dc.publisherSOC ARGENTINA BOTANICA
dc.relationBoletín de la Sociedad Argentina de Botánica, vol.56 no.4 (2021) p. 533 - 545
dc.relationhttps://doi.org/10.31055/1851.2372.v56.n4.32721
dc.rightsgold
dc.rightsAcceso abierto
dc.sourceBoletín de la Sociedad Argentina de Botánica
dc.subjectAtacama Desert
dc.subjectGenetic Diversity
dc.subjectGeoffroea Decorticans
dc.subjectNext-Generation Sequencing
dc.subjectSsr Markers
dc.subjectGenetic Diversity
dc.subjectSoftware
dc.subjectMarkers
dc.subjectForest
dc.subjectDesierto de Atacama
dc.subjectDiversidad Genética
dc.subjectGeoffroea Decorticans
dc.subjectSecuenciación de Nueva Generación
dc.subjectMarcadores Ssr
dc.subjectDiversidad Genética
dc.subjectSoftware
dc.subjectMarcadores
dc.subjectBosque
dc.titleDevelopment of new microsatelite loci for Geoffroea decorticans (Gillies ex Hook. & Arn.) Burkart
dc.titleDesarrollo de nuevos loci de microsatélites para Geoffroea decorticans (Gillies ex Hook. & Arn.) Burkart
dc.typeArtículo de revista


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