Prediction of the Damage-Associated Non-Synonymous Single Nucleotide Polymorphisms in the Human MC1R Gene

Predicción de los polimorfismos de nucleótido único no sinónimos asociados al daño en el gen MC1R humano

dc.contributordiego.hepp@gmail.com
dc.contributorGoncalves, Gislene Lopes https://orcid.org/0000-0002-1459-4888
dc.contributorFreitas, Thales Renato Ochotorena de https://orcid.org/0000-0002-1019-9303
dc.creatorHepp, Diego
dc.creatorGoncalves, Gislene Lopes
dc.creatorOchotorena de Freitas, Thales Renato
dc.date2023-04-18T01:50:03Z
dc.date2023-04-18T01:50:03Z
dc.date2015
dc.date.accessioned2023-09-27T20:18:54Z
dc.date.available2023-09-27T20:18:54Z
dc.identifier1932-6203
dc.identifierhttps://repositorio.uta.cl/xmlui/handle/20.500.14396/2414
dc.identifier10.1371/journal.pone.0121812
dc.identifierCE8HY
dc.identifier25794181
dc.identifierWOS:000352083900155
dc.identifier.urihttps://repositorioslatinoamericanos.uchile.cl/handle/2250/8942897
dc.descriptionThe melanocortin 1 receptor (MC1R) is involved in the control of melanogenesis. Polymorphisms in this gene have been associated with variation in skin and hair color and with elevated risk for the development of melanoma. Here we used 11 computational tools based on different approaches to predict the damage-associated non-synonymous single nucleotide polymorphisms (nsSNPs) in the coding region of the human MC1R gene. Among the 92 nsSNPs arranged according to the predictions 62% were classified as damaging in more than five tools. The classification was significantly correlated with the scores of two consensus programs. Alleles associated with the red hair color (RHC) phenotype and with the risk of melanoma were examined. The R variants D84E, R142H, R151C, I155T, R160W and D294H were classified as damaging by the majority of the tools while the r variants V60L, V92M and R163Q have been predicted as neutral in most of the programs The combination of the prediction tools results in 14 nsSNPs indicated as the most damaging mutations in MC1R (L48P, R67W, H70Y, P72L, S83P, R151H, S172I, L206P, T242I, G255R, P256S, C273Y, C289R and R306H); C273Y showed to be highly damaging in SIFT, Polyphen-2, MutPred, PANTHER and PROVEAN scores. The computational analysis proved capable of identifying the potentially damaging nsSNPs in MC1R, which are candidates for further laboratory studies of the functional and pharmacological significance of the alterations in the receptor and the phenotypic outcomes.
dc.descriptionEl receptor de melanocortina 1 (MC1R) está implicado en el control de la melanogénesis. Los polimorfismos en este gen se han asociado con variaciones en el color de la piel y el cabello y con un riesgo elevado de desarrollar melanoma. Aquí utilizamos 11 herramientas computacionales basadas en diferentes enfoques para predecir los polimorfismos de nucleótido único no sinónimos (nsSNP) asociados al daño en la región codificante del gen MC1R humano. Entre los 92 nsSNP ordenados de acuerdo con las predicciones, el 62% se clasificó como dañino en más de cinco herramientas. La clasificación se correlacionó significativamente con las puntuaciones de dos programas de consenso. Se examinaron los alelos asociados con el fenotipo de color de pelo rojo (RHC) y con el riesgo de melanoma. Las variantes R D84E, R142H, R151C, I155T, R160W y D294H fueron clasificadas como dañinas por la mayoría de las herramientas, mientras que las variantes r V60L, V92M y R163Q se predijeron como neutrales en la mayoría de los programas. La combinación de los resultados de las herramientas de predicción en 14 nsSNPs indicados como las mutaciones más dañinas en MC1R (L48P, R67W, H70Y, P72L, S83P, R151H, S172I, L206P, T242I, G255R, P256S, C273Y, C289R y R306H); C273Y mostró ser altamente dañino en las puntuaciones SIFT, Polyphen-2, MutPred, PANTHER y PROVEAN. El análisis computacional demostró ser capaz de identificar los nsSNP potencialmente dañinos en MC1R, que son candidatos para más estudios de laboratorio sobre la importancia funcional y farmacológica de las alteraciones en el receptor y los resultados fenotípicos.
dc.formatapplication/pdf
dc.format16 páginas
dc.languageEnglish
dc.publisherPUBLIC LIBRARY SCIENCE
dc.relationPlos One, vol.10 no.3 (2015)
dc.relationhttps://doi.org/10.1371/journal.pone.0121812
dc.rightsGreen Published, gold, Green Submitted
dc.rightsAcceso abierto
dc.sourcePlos One
dc.subjectHuman Melanocortin-1 Receptor
dc.subjectGenome-Wide Association
dc.subjectAmino-Acid Substitutions
dc.subjectIn-Silico Analysis
dc.subjectRed Hair
dc.subjectHuman Pigmentation
dc.subjectMelanoma Risk
dc.subjectMissense Mutations
dc.subjectProtein Mutations
dc.subjectVariant Alleles
dc.subjectReceptor Humano de la Melanocortina-1
dc.subjectAsociación de Todo El Genoma
dc.subjectSustituciones de Aminoácidos
dc.subjectAnálisis In Silico
dc.subjectCabello Rojo
dc.subjectPigmentación Humana
dc.subjectRiesgo de Melanoma
dc.subjectMutaciones Sin Sentido
dc.subjectMutaciones de Proteínas
dc.subjectAlelos Variantes
dc.titlePrediction of the Damage-Associated Non-Synonymous Single Nucleotide Polymorphisms in the Human MC1R Gene
dc.titlePredicción de los polimorfismos de nucleótido único no sinónimos asociados al daño en el gen MC1R humano
dc.typeArtículo de revista


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