Interaction energies in non Watson-Crick pairs: An ab initio study of G center dot U and U center dot U pairs

Energías de interacción en pares que no son de Watson-Crick: un estudio ab initio de los pares G centro punto U y U centro punto U

dc.contributorgcontrer@udec.cl
dc.creatorMadariaga, ST
dc.creatorContreras, JG
dc.creatorSeguel, CG
dc.date2023-04-18T01:48:20Z
dc.date2023-04-18T01:48:20Z
dc.date2005
dc.date.accessioned2023-09-27T20:18:24Z
dc.date.available2023-09-27T20:18:24Z
dc.identifier0717-9707
dc.identifierhttps://repositorio.uta.cl/xmlui/handle/20.500.14396/2326
dc.identifier10.4067/S0717-97072005000100013
dc.identifier952II
dc.identifierWOS:000230996800013
dc.identifier.urihttps://repositorioslatinoamericanos.uchile.cl/handle/2250/8942685
dc.descriptionAb initio calculations at the MP2/6-31G** level have been carried out on the non-Watson-Crick nucleic acids pairs G center dot U and U center dot U to obtain the interaction energies and to see whether the derived values are comparable or not with the canonical G-C, A-T and A-U pairs. Optimized geometries of the pairs show that the structural parameters of the isolated bases differ very little on pairing. The guanine -NH2 group does not participate in the hydrogen bonding formation and possesses a pyramidal structure; its intrinsic nonplanarity plays an important role in the out-of-plane intermolecular interactions. Thus, the G center dot U pair projects three hydrogen bonding acceptor sites, namely, N7(G), O6(G) and O4(U) to the RNA major groove. The interaction energy (Delta H degrees(int)) calculated for the G center dot U pair (-13.6 kcal/mol) is comparable to that determined for A-T (-13.0 kcal/ mol), but considerable smaller than the experimental value reported for G-C (-21.0 kcal/mol). The U center dot U pair follows the trend that pairing between pyrimidines bases should have lower interacting energies than purine-pyrimidine pairs.
dc.descriptionSe han realizado cálculos ab initio al nivel MP2/6-31G** en los pares de ácidos nucleicos que no son de Watson-Crick G punto central U y U punto central U para obtener las energías de interacción y ver si los valores derivados son comparables o no con los pares canónicos GC, AT y AU. Las geometrías optimizadas de los pares muestran que los parámetros estructurales de las bases aisladas difieren muy poco en el emparejamiento. El grupo guanina -NH2 no participa en la formación de puentes de hidrógeno y posee una estructura piramidal; su no planaridad intrínseca juega un papel importante en las interacciones intermoleculares fuera del plano. Por lo tanto, el par U del punto central G proyecta tres sitios aceptores de enlaces de hidrógeno, a saber, N7 (G), O6 (G) y O4 (U) al surco principal del ARN. La energía de interacción (Delta H grados(int)) calculada para el par U del punto central G (-13,6 kcal/mol) es comparable a la determinada para AT (-13,0 kcal/mol), pero considerablemente menor que el valor experimental informado para GC (-21,0 kcal/mol). El par U centro punto U sigue la tendencia de que el emparejamiento entre bases de pirimidinas debería tener energías de interacción más bajas que los pares de purina-pirimidina.
dc.formatapplication/pdf
dc.format4 páginas
dc.languageEnglish
dc.publisherSOC CHILENA QUIMICA
dc.relationJournal of The Chilean Chemical Society, vol.50 no.1 (2005) p. 435 - 438
dc.relationhttps://doi.org/10.4067/S0717-97072005000100013
dc.rightsgold
dc.rightsAcceso abierto
dc.sourceJournal of The Chilean Chemical Society
dc.subjectAb Initio
dc.subjectInteraction Energies
dc.subjectG Center Dot U
dc.subjectU Center Dot U Pairs
dc.subjectNoncanonical Base-Pairs
dc.subjectTransfer-Rna
dc.subjectMolecular-Interactions
dc.subjectMinor-Groove
dc.subjectCrystal-Structure
dc.subjectAqueous-Solution
dc.subjectNucleic-Acids
dc.subjectRibosomal-Rna
dc.subjectInternal Loop
dc.subjectRecognition
dc.subjectAb Initio
dc.subjectEnergías de Interacción
dc.subjectG Centro Punto U
dc.subjectU Centro Punto U Pares
dc.subjectPares de Bases No Canónicos
dc.subjectArn de Transferencia
dc.subjectInteracciones Moleculares
dc.subjectRanura Menor
dc.subjectEstructura Cristalina
dc.subjectSolución Acuosa
dc.subjectÁcidos Nucleicos
dc.subjectArn Ribosómico
dc.subjectLazo Interno
dc.subjectReconocimiento
dc.titleInteraction energies in non Watson-Crick pairs: An ab initio study of G center dot U and U center dot U pairs
dc.titleEnergías de interacción en pares que no son de Watson-Crick: un estudio ab initio de los pares G centro punto U y U centro punto U
dc.typeArtículo de revista


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