O aumento da poluição nos recursos hídricos intensificou o despejo de nutrientes, como fósforo e nitrogênio, que são precursores para eutrofização, causando problemas ambientais. Através do tratamento biológico de efluentes é possível removê-los por meio da comunidade bacteriana, utilizando os processos metabólicos e, posteriormente, destinando corretamente aos corpos hídricos. Os estudos das comunidades microbianas presentes nos sistemas de tratamento permitiram realizar melhorias para aumentar o desempenho do mesmo. O presente estudo realizou uma análise dos microrganismos presentes em dois tipos de reatores, Reator de Leito Móvel com Biofilme (MBBR) e o Lodo Granular Aeróbio (LGA), através da técnica de FISH e quantificação via Python Jupyter. Pode-se observar que o reator MBBR apresentou maior quantidade de bactérias oxidadoras de amônio (BOA) em detrimento as bactérias oxidadoras de nitrito (BON), por causa do tipo de suporte utilizado, carga aplicada e inibição através das conversões parciais. Por outro lado, no LGA houve maior concentração de BON em um dos regimes do reator e de microrganismos indesejados (GAO – bactérias acumuladoras de glicogênio). A combinação da ciência da computação e da biologia molecular proporcionaram a quantificação dos microrganismos e interpretações dos sistemas biológicos presentes.