O vírus da hepatite D (HDV) é um vírus defectivo dependente do vírus da hepatite B (HBV) para realizar seu ciclo replicativo. A infecção HBV-HDV pode ocorrer simultaneamente (coinfecção), ou quando um portador crônico do HBV é infectado posteriormente com o HDV (superinfecção). A superinfecção é a forma mais grave de hepatite viral crônica, devido a sua rápida progressão para cirrose e hepatocarcinoma e, consequentemente, ao alto risco de óbito. A divisão genotípica do HDV ainda não é um consenso entre os pesquisadores e novas propostas de classificação vêm surgindo à medida que novos dados genômicos são disponibilizados na literatura. Atualmente, o HDV é dividido em 8 genótipos, que possuem distintas distribuições geográficas ao redor do mundo. No Brasil prevalecem os genótipos 1 e 3, porém, estudos que abordam o genoma completo de variantes circulantes no Brasil são escassos, o que gera dificuldades na vigilância epidemiológica do HDV no país. Dessa forma, o presente estudo busca compreender a variabilidade genética viral e contribuir com novos dados de epidemiologia molecular do HDV no Brasil. Para isso, foram selecionadas 40 amostras de soro reagentes para o anticorpo anti-HDV, obtidas no Brasil entre 2013 e 2015. Dessas 40 amostras, 11 tiveram o RNA do HDV detectado e extraído para a amplificação por RT-PCR de dois fragmentos sobrepostos, a fim de cobrir o genoma viral completo. Os produtos amplificados foram submetidos ao sequenciamento nucleotídico pelo método de Sanger, seguido de análise filogenética. As análises filogenéticas indicaram a presença de 3 genótipos do HDV, sendo o HDV-3, considerado endêmico na região Norte do país, encontrado na maioria das amostras (9/11; 81,8%). As outras duas amostras foram classificadas nos genótipos 5 (1/11; 9,1%) e 8 (1/11; 9,1%), geralmente de circulação restrita ao continente africano. Tais genótipos, tendo sido raramente reportados no Brasil, demonstram a importância da contínua vigilância epidemiológica para o monitoramento das variantes virais e o alto potencial de disseminação do HDV pelo país.