Diversas regressões peso-comprimento foram selecionadas na literatura para copépodes de duas ordens (Calanoida e Ciclopóida) presentes na Baía de Guanabara em três graus de especificidade: Geral (Uma equação para todos as espécies de copépodes), Ordem (Uma equação para cada ordem) e Específica (Uma equação para cada espécie ou nível taxonômico mais próximo). Essas equações foram utilizadas para estimar o peso seco de amostras de copépodes coletadas em ponto fixo na Baía de Guanabara em diversas datas (N=29). As estimativas geradas por cada grau de especificidade foram então comparadas entre si através de análise de variância de medidas repetidas, afim de verificar diferenças entre elas. Houve diferença significativa entre as três estimativas da ordem Cyclopoida, indicando que a escolha da equação pode gerar estimativas diferentes de biomassa com uma mesma amostra. As estimativas de peso da ordem Calanoida tiveram diferenças em algumas classes de tamanho, mas para o peso total da amostra os graus de especificidade Ordem e Específica não apresentaram diferenças significativas, porém duas espécies (Acartia tonsa e Temora turbinata) parecem ser sub ou superestimadas pela equação de ordem utilizada nesse trabalho, o que pode representar problemas em casos de amostras com dominância de uma dessas espécies.