A pressão antrópica crescente na região da bacia hidrográfica do rio Guandu, principal manancial de abastecimento da Região Metropolitana do Rio de Janeiro, impõe a necessidade de monitorar a qualidade dos corpos d’água da bacia, devido à contaminação por efluentes industriais e esgotos domésticos. O desenvolvimento de Índices de Qualidade de Água tem como objetivo transformar resultados amostrais individuais em informações consolidadas e simplificadas para os gestores e usuários das águas, visando refletir a condição ambiental dos corpos hídricos. Foram selecionadas 10 estações de amostragem representativas da bacia hidrográfica e, utilizando a série história entre 2000 e 2010, aplicou-se a metodologia de cálculo dos índices: IQANSF, IQACETESB, IQABP, IQAFAL, IET e ICT. Apesar das distinções de cada metodologia, os resultados finais se alinham no sentido de convergir na representação da qualidade dos cursos d’água avaliados, ou seja, ambas as metodologias apontam para uma depreciação da qualidade de água mais acentuada no caso dos rios Queimados, Cabuçu e Ipiranga. Os rios dos Poços e Macacos apresentam uma situação relativamente melhor em relação à condição de seus recursos hídricos. O rio Guandu e o Ribeirão das Lajes são considerados os de melhor situação ambiental dentre todos os corpos hídricos analisados nesse trabalho. O IQANSF foi considerado o mais apropriado ao contexto da bacia hidrográfica do rio Guandu, tendo como índices complementares o IQAFAL e o ICT.