Neste estudo avaliamos a freqüência de micronúcleos no sangue periférico, a atividade da etoxiresorufina-O-desetilase - EROD (marcador da atividade enzimática da subfamília CYP1A) no fígado, e os níveis de metais no músculo de peixes acarás (Geophagus brasiliensis) e cascudos (Hypostomus affinis e Hypostomus luetkeni) coletados na bacia do rio Paraíba do Sul. Biomarcadores inespecíficos como Fator de Condição e Índice Hepático também foram utilizados. Os peixes foram capturados nos trechos superior, médio-superior, médio-inferior e inferior da bacia do rio Paraíba do Sul em dois períodos distintos (chuva e estiagem). Dentre as espécies estudadas, G. brasiliensis foi a que coletamos com maior freqüência ao longo de toda a bacia. G. brasiliensis, H. affinis e H. luetkeni apresentaram uma tendência de aumento dos fatores de condição no período de chuvas quando comparamos aos valores obtidos no período de estiagem. Volta Redonda foi a região em que se coletou G. brasiliensis com os maiores valores de índice hepático. A freqüência de micronúcleos nos eritrócitos do sangue periférico das três espécies foi muito baixa (0,00-2,00 ) evidenciando ausência de dano genotóxico. A atividade de EROD em G. brasiliensis foi maior do que a das outras duas espécies em todos os locais de coleta. Na região de Levy Gasparian, onde foi possível capturar um grande número de peixes, a atividade de EROD em G. brasiliensis machos foi maior do que em fêmeas. A atividade de EROD de G. brasiliensis variou entre os locais de coleta, sendo os maiores valores registrados nos peixes de São Luiz do Paraitinga, Barra Mansa, Levy Gasparian, Três Rios e Sapucaia e os menores nos peixes de Paraibuna, Italva, Rio das Flores, Santo Antônio de Pádua e Campos. Os níveis de metais foram baixos nas três espécies em todas as regiões e no caso de chumbo e mercúrio, inferiores aos valores máximos permitidos pela regulamentação brasileira de alimentos (ANVISA). Estudos devem ser realizados para investigar as diferenças de EROD entre G. brasiliensis, H. affinis e H. luetkeni. As regiões de São Luiz do Paraitinga, Barra Mansa, Três Rios, Levy Gasparian e Sapucaia devem ser melhor investigadas quanto a poluentes indutores de CYP1A, uma vez que os peixes coletados nestes locais apresentaram as mais elevadas atividades de EROD.In this study we evaluated the frequency of micronucleated erythrocytes in peripheral blood, metal concentrations and the activity of ethoxyresorufin-O-dealkylase (EROD) in the liver of pearl cichlid (Geophagus brasiliensis) and catfish (Hypostomus affinis and Hypostomus luetkeni). Physiological features, including condition factor and liver somatic index were calculated to assess fish condition. Fishes were caught at Paraiba do Sul river and tributariesin the rainny and dry season. Geophagus brasiliensis, H. affinis e H. luetkeni presented higher condition factor at the rainny season than at the dry season. G. brasiliensis caught from Volta Redonda presented the highest hepatic index. The frequency of micronucleated erythrocytes in three species was quite reduced (0.00-2.00‰) revealing the absence of genotoxic damage. EROD activity in G. brasiliensis was higher than in catfish. In Levy Gasparian city we caught 21 specimens and it was possible to evaluate differences in EROD activity between males and females. Males G. brasiliensis EROD activity was higher than in females. This activity in G. brasiliensis varied among the sampling sites and the highest values were registered in fish from São Luiz do Paraitinga, Barra Mansa, Levy Gasparian, Três Rios and Sapucaia. Lowest values were registered in fish from Paraibuna, Italva, Rio das Flores, Santo Antônio de Pádua and Campos. Metal levels were low in muscles of the three species at all sampling sites. G. brasiliensis was most sensitive to EROD activity than catfish. The mooxigenases activity in fish should be used as a monitoring tool to detect contamination of water bodies by cytochrome P-450-indicing agents. Metal levels found in fish muscles did not represent a risk to population health. This study did not demonstrated genotoxicity damage in the fish caught because it we did not observe a high frequency of micronuclei in peripheral blood erythrocytes.