Dissertation
Classificação taxonômica e análise genômica de isolados de Aeromonas spp
Registro en:
MELO, Beatriz Souza Toscano de. Classificação taxonômica e análise genômica de isolados de Aeromonas spp. 2018. 79 p. Dissertação, (mestrado)-Instituto Aggeu Magalhães, Fundação Oswaldo Cruz, Recife, 2018.
Autor
Melo, Beatriz Souza Toscano de
Resumen
A taxonomia do gênero Aeromonas é bastante complexa e tem sido submetida a várias revisões devido à descrição de novas espécies e à reclassificação de espécies previamente validadas. Há, atualmente, 36 espécies descritas para esse gênero. Em estudo prévio realizado por este grupo de pesquisas, foram obtidos 119 isolados de Aeromonas spp. durante em um surto de diarreia que ocorreu em 2004 no município de São Bento do Una, Pernambuco. Destes, dois isolados de Aeromonas spp. (Aer294 e Aer593) apresentaram posições filogenéticas que indicavam que esses isolados eram diferentes das espécies de Aeromonas já descritas. O presente trabalho teve como objetivo esclarecer a posição taxonômica destes dois isolados de Aeromonas que não agruparam com nenhuma das espécies descritas. Sequências de seis genes housekeeping desses isolados (gyrB, rpoD, recA, dnaJ, gyrA e dnaX) foram obtidas, a partir do sequenciamento de genoma completo, para análise filogenética através da técnica Multilocus Phylogenetic Analysis (MLPA) com sequências parciais desses mesmos genes para as 36 espécies atualmente descritas para o gênero Aeromonas. O isolado Aer294 agrupou com a espécie Aeromonas australiensis, recentemente descrita, e o isolado Aer593 formou um ramo independente, sugerindo que seria uma nova espécie do gênero. A identificação por espectrometria de massas MALDI-TOF dos isolados Aer294 e Aer593 foi A. veronii e A. caviae, respectivamente, em discordância com os resultados da filogenia. Para confirmação sobre suas posições taxonômicas os isolados foram submetidos a hibridização in silico e à comparação genômica por identidade média de nucleotídeos, que teve como resultado que o isolado Aer593 pertence à espécie A. caviae, enquanto o Aer294 pertence à espécie A. australiensis. Esses resultados foram confirmados pelo MLPA com CDS completa para os seis genes housekeeping e também pelo core genoma. Esse estudo mostrou que por embora o MLPA seja um bom método de classificação, ele pode levar a conclusões equivocadas sobre a posição de algumas cepas de Aeromonas e que a melhor forma de classificar novas espécies desse gênero é a partir da análise filogenética utilizando core genoma. The taxonomy of the genus Aeromonas is quite complex and has undergone several revisions due to the description of new species and reclassification of previously validated species. There are currently 36 species described for this genus. In a previous study carried out by this research group, 119 isolates of Aeromonas spp. during an outbreak of diarrhea that occurred in 2004 in the municipality of São Bento do Una, Pernambuco. Of these, two isolates of Aeromonas spp. (Aer294 and Aer593) presented the phylogenetic lines that indicated that the isolates were different from the Aeromonas species already described. The present work had as objective to clarify a taxonomic position of the two Aeromonas isolates that did not group with the species of the genus. Sequences of six housekeeping genes of theses strains (gyrB, rpoD, recA, dnaJ, gyrA e dnaX) were obtained from complete genome sequencing for phylogenetic analysis using the Multilocus Phylogenetic Analysis (MLPA) technique with partial sequences of the genes also for 36 species available for the genus Aeromonas. The Aer294 isolate grouped with an Aeromonas australiensis specie and the Aer593 isolate formed an independent line, suggesting that it is a new species of the genus. Identification by MALDI-TOF mass spectrometry of Aer294 and Aer593 isolates was A. veronii and A. caviae, respectively, in disagreement with the results of the phylogeny. For confirmation of their taxonomic positions, the isolates were submitted to in silico hybridization and to the genomic comparison by Average Nucleotide Identity, which resulted that the Aer593 strain belongs to the species A. caviae and the Aer294 belongs to the species A. australiensis. These results were confirmed by the MLPA with complete CDS for the six housekeeping genes and by the core genome phylogenetic analysis. This study showed that although MLPA is a good method of species classification, it may lead to misleading conclusions about the position of some strains of Aeromonas and that the best way to classify new species of this genus is from phylogenetic analysis using the core genome.
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