Em agosto de 2008, um garanhão da raça Mangalarga Marchador, de quatro anos de idade, com histórico clínico de apatia, inapetência e edema de prepúcio e escroto, apresentou, ao exame clínico, exsudato purulento fluindo pelo óstio prepucial, prepúcio e mucosa peniana com inúmeras lesões circulares de bordos elevados e hiperêmicos, centro ulcerado recoberto por material amarelado de aspecto fibrinoso, com distribuição multifocal. Histologicamente, a mucosa peniana apresentou áreas de ulceração associadas a infiltrado inflamatório misto, com necrose multifocal e moderado acúmulo de fibrina, que se estendiam para o tecido conjuntivo adjacente. O diagnóstico morfológico foi de balanopostite ulcerativa fibrino-necrótica multifocal intensa, similar ao encontrado em casos de exantema coital equino (ECE), causado pelo herpesvírus equino 3 (EHV-3). Amostra de pele do prepúcio e sangue, colhido em EDTA, foram submetidos a ensaios de PCR específicos para EHV-3, observando-se a amplificação de um produto de tamanho esperado de 518pb. A detecção do EHV-3 foi confirmada por meio de seu sequenciamento, sendo a sequência de nucleotídeos depositada no GenBank sob o número GQ336877. As sequências de nucleotídeos e as de aminoácidos deduzidos apresentaram identidade de 99% e 100%, respectivamente, com a sequência de EHV-3 disponível no GenBank, número AF081188. Após 15 dias de tratamento, houve completa cicatrização das lesões, com despigmentação da pele, principalmente, no prepúcio e na bolsa escrotal. Com base nos achados clínicos, histopatológicos, PCR e sequenciamento, concluiu-se tratar de um caso de exantema coital equino, sendo o primeiro com confirmação definitiva do agente etiológico no Brasil.