A aquicultura está entre as atividades produtivas que mais têm crescido no mundo e é apontada como uma alternativa sustentável em termos econômicos, sociais e ambientais para suprir a demanda mundial por alimentos. Dentre as espécies de maior importância para o cultivo na América do Sul, destacam-se Arapaima gigas (pirarucu) e Colossoma macropomum (tambaqui), que apresentam relevante interesse econômico, sabor apreciado e fácil comercialização nos mercados local e internacional. No entando, as estratégias de implantação de cultivos em grande escala podem esbarrar na falta de estudos prévios sobre os padrões biológicos e ecológicos dos parasitos que utilizam o pirarucu e o tambaqui como hospedeiro. Neste contexto, o objetivo deste trabalho foi estudar a biodiversidade de helmintos de A. gigas e C. macropomum em sistemas de cultivo no estado do Acre, Brasil. Este é o primeiro estudo sobre a comunidade parasitária de pirarucu e tambaqui na região e fornece novas informações para o controle de parasitos em sistemas produtivos. Nove táxons de parasitos para A. gigas foram identificados e referidos em nova distribuição geográfica, sendo eles Dawestrema cycloancistrium, Capillostrongyloides arapaimae, Goezia spinulosa, Hysterothylacium sp., Camallanidae gen. sp., Ascaridoidea gen. sp., Polyacanthorhynchus sp. (juvenis), Neoechinorhynchus sp. e Acanthocephala gen. sp. A comparação da fauna parasitária de A. gigas em dois tipos de sistemas de produção de peixes demonstrou que a diversidade e prevalência de parasitos no sistema de cultivo semi-intensivo foi significativamente maior do que no sistema intensivo, mostrando que boas condições de produção podem prevenir substancialmente a infecção por parasitos. Novas sequências para as regiões parcial 18S rDNA, ITS1, 5.8S, ITS2 rDNA, partial 28S rDNA, cox1 mtDNA e cox2 mtDNA de G. spinulosa foram apresentadas. O estudo morfológico, ultraestrutural e genético possibilitou um estudo taxonômico integrado, produzindo um perfil robusto para G. spinulosa. Este é o primeiro estudo ultraestrutural de C. arapaimae por microscopia eletrônica de varredura com dados adicionais de Hysterothylacium sp. (L3), Polyacanthorhynchus sp. e Neoechinorhynchus sp. Um novo sítio de infecção e um possível método especial de transmissão de D. cycloancistrium em pirarucus foram apresentados e a análise por microscopia confocal confirmou a presença de dois reservatórios prostáticos ao invés de um. Os helmintos encontrados em C. macropomum no estado do Acre incluíram os Monogenea Anacanthorus spathulatus, Linguadactyloides brinkmanni, Notozothecium janauachensis e Mymarothecium boegeri e o Nematoda Procamallanus (Spirocamallanus) inopinatusThe aquaculture is among the world´s most productive activities, with fastest growing, pointed out as a sustainable economic, social and environmental alternative to supply the world´s demand for food. The South American fish species with major importance for culture include Arapaima gigas (arapaima) and Colossoma macropomum (tambaqui), that have relevant economic importance, good taste and easy commercialization in local and international markets. However, the strategies to implant large-scale cultures may be troubled by the lack of previous studies on the biological and ecological patterns of parasitic fauna that use pirarucu and tambaqui as host. In this context, the aim of this work was to study the biodiversity of helminths of A. gigas and C. macropomum from culture systems in the state of Acre, Brazil. This is the first study of the parasite community of arapaimas and tambaquis in the region and provides new information for the control of parasites in productive systems. Nine species of parasites of A. gigas were identified with new geographical distribution: Dawestrema cycloancistrium, Capillostrongyloides arapaimae, Goezia spinulosa, Hysterothylacium sp., Camallanidae gen. sp., Ascaridoidea gen. sp., Polyacanthorhynchus sp. (juvenile), Neoechinorhynchus sp. and Acanthocephala gen. sp. The comparison of the parasites of A. gigas from two systems of fish production showed that the diversity and prevalence of parasites in the semi-intensive system was significantly larger than in the intensive system, showing that good conditions of production can substantially prevent infection by parasites. New sequences for the regions of parcial 18S rDNA, ITS1, 5.8S, ITS2 rDNA, partial 28S rDNA, cox1 mtDNA and cox2 mtDNA of G. spinulosa were presented. The integrative taxonomic study of G. spinulosa using morphological, ultrastructural and genetic data produced a robust profile of the specie. This is the first ultrastructural study of C. arapaimae by scanning electron microscopy with additional data of Hysterothylacium sp. (L3), Polyacanthorhynchus sp. and Neoechinorhynchus sp. A new site of infection and a possible new method of transmission of D. cycloancistrium in arapaimas were presented and the confocal microscopy analysis confirmed the presence of two prostatic reservoirs instead of one. The helminths found in C. macropomum from Acre state were the Monogenea Anacanthorus spathulatus, Linguadactyloides brinkmanni, Notozothecium janauachensis and Mymarothecium boegeri and the Nematoda Procamallanus (Spirocamallanus) inopinatus2018-09-27