No início do ano de 2020, cerca de 9 milhões de habitantes da Região Metropolitana do Rio de Janeiro dependente do Sistema Guandu, vivenciaram uma crise no abastecimento de água, recebendo água com gosto e odor. Este trabalho apresenta os resultados das análises sobre a qualidade sanitária da água bruta, captada por esse sistema, em dois momentos distintos durante a crise hídrica, quanto à presença de cianobactérias através de estudos de metagenômica, e de cianotoxinas na água bruta, através da quantificação de cianotoxinas, microcistina (MC) e saxitoxina (SXT) por ELISA. Foram realizadas análises de parâmetros de qualidade da água bruta, através da determinação dos níveis de coliformes totais e de Escherichia coli e de alguns parâmetros físico-químicos. A água bruta captada nos dois períodos apresentou níveis de Escherichia coli acima da faixa de valores máximo permitidos (VMP) descritos na Resolução 357/2000 do CONAMA, assim como o valor de MC em uma amostra de filtro. Os parâmetros físico-quimicos analisados e os níveis de SXT estavam em conformidade com essa resolução. O gênero de cianobactéria mais abundante no período crítico foi o Planktothricoides sp. Desta forma, é necessária a implementação do saneamento básico nas cidades a montante do ponto de captação de água bruta desse manancial, a fim de que eventos semelhantes aos ocorridos na crise hídrica 2020 não repitam.At the beginning of 2020, about 9 million inhabitants of the Metropolitan Region of Rio de Janeiro, dependent on the Guandu Basin, experienced a water-supply crisis when their water tasted badly and gave off an odor. This work presents the results of analyses of the sanitary quality of raw water in this system at two different times during the water crisis, with respect to the presence of cyanobacteria found using metagenomic studies, and cyanotoxins, microcystin (MC) and saxitoxin (SXT) quantified by ELISA. Analyses of raw water quality parameters were carried out through the determination of total coliforms and Escherichia coli levels and some physical-chemical parameters. The raw water collected in both periods presented levels of Escherichia coli levels above the maximum allowed values (MAV) described in Resolution 357/2000 of the National Environmental Agency, as well as the levels of MC in a filter sample. The physical-chemical parameters analyzed and the SXT levels were in accordance with this resolution. The most abundant cyanobacterial genus in the critical period was Planktothricoides sp. Therefore, it is necessary to implement basic sanitation in cities upstream from the point of capture of raw water from this source, so that events similar to those that occurred in the 2020 water crisis do not recur.