equinococose policística humana (EP) é uma infecção parasitária causada pelo estágio larval de Echinococcus vogeli, que ocorre em áreas rurais e silvestres da América Central e do Sul. No entanto, pouca informação sobre a variabilidade genética de E. vogeli está disponível. Neste estudo, 32 amostras de cistos de E. vogeli excisados do fígado ou do mesentério de pacientes humanos tiveram uma seqüência de 396-pb do gene mitocondrial da citocromo oxidase 1 (cox1) sequenciada e comparada com outras 17 sequências de cox1 representando 9 espécies de Echinococcus. Uma árvore Bayesiana revelou que todas as sequências de E. vogeli formaram um clado monofilético e bem suportado com uma sequência de referência de E. vogeli. A ocorrência de haplótipos de E. vogeli geograficamente restritos sugere retenção de polimorfismos ancestrais com pouca migração no Acre, Brasil. Além disso, dois antígenos recombinantes (rAgB8/1 e rAgB8/2), correspondentes a subunidades do antígeno B (AgB) de E. granulosus e previamente caracterizados como de valor diagnóstico para a equinococose cística (EC) foram validados para o diagnóstico da EP. Estes antígenos apresentaram bom desempenho em ELISA para a detecção de anticorpos (IgG totais) específicos em soros de pacientes com EP, sendo potenciais substitutos para preparações antigênicas brutas derivadas de fluido hidático ou AgB nativo purificado.Human polycystic echinococcosis (EP) is a parasitic infection caused by the larval stage of Echinococcus vogeli, which occurs in rural areas of Central and South America. However, little information on the genetic variability of E. vogeli is available. In this study, 32 excised E. vogeli cyst samples from human patients had a 396-bp sequence of the mitochondrial cytochrome oxidase 1 (cox1) gene sequenced and compared with 17 other cox1 sequences representing nine Echinococcus species. A Bayesian tree revealed that all E. vogeli sequences formed a well-supported monophyletic clade with an E. vogeli reference sequence. The occurrence of geographically restricted E. vogeli haplotypes suggests retention of ancestral polymorphisms with little migration in Acre, Brazil. In addition, two recombinant antigens (rAgB8/1 and rAgB8/2), corresponding to E. granulosus antigen B (AgB) subunits and previously characterized as diagnostic value for EC were validated for the diagnosis of EP. These antigens performed well in ELISA for the detection of specific antibodies (total IgG) in sera from EP patients and are potential substitutes for crude antigenic preparations derived from hydatid fluid or purified native AgB.